萨迦派（花教），创始于1073年，在形成教派体系、扩大宗教影响、伸展封建势力过程中，出现过历史上著名的“萨迦五祖”，即初祖贡噶宁波（1102-1158）、二祖索南孜摩（1142-1182）、三祖札巴坚赞（1147-1216）、四祖萨迦班智达贡噶坚赞（1182-1251）、五祖八思巴洛追坚赞（1235-1280）。其中，萨迦四祖萨班贡噶坚赞（1182-1251），1246年被元朝统治者召于凉州，赴凉州会谈，为元朝统一西藏作出了重要贡献。 之后，萨班联络西藏各个封建势力归顺蒙古，实现了中央政府对西藏地方的全面施政和有效治理。萨班去世后，萨迦五祖八思巴又成为元朝中央的高级官员，并奉命创制了“八思巴文”。他被元世祖忽必烈封为国师、帝师，领总制院事，管理西藏地方政教事务。1267年西藏建立萨迦派政教合一地方政权，在元中央王朝的支持下，萨迦派势力大增，其寺院及势力波及到康区和安多地区，对元朝皇室亦有重大影响。与此同时，萨迦派内部的矛盾亦逐渐发展，1324萨迦寺分成细脱、仁钦岗、拉康、都却4个拉章，各领属民、土地。1351年，萨迦派在西藏的掌权地位被帕竹噶举派的大司徒绛曲坚赞取代，萨迦势力日渐衰落。萨迦派有血统、法统两支传承。元代以后，萨迦派内又出现俄尔、贡噶、察尔3个支派。此外，萨迦派的重要寺院还有四川德格的贡钦寺，青海玉树的结古寺、称多县的示藏寺，西藏林周的那烂陀寺，今锡金境内的结蔡寺等。
明成祖时，封萨迦首领为大乘法王，萨迦派仅保有萨迦附近一小片领地，其首领称萨迦法王。明朝中期，其他3个拉章传承断绝，都却拉章则再分为彭措颇章和卓玛颇章两房，延续至今。现今的萨迦法王在国外居住。萨迦派在显教方面注重经论的翻译及辩经。显宗方面有两个传承，一个倡导唯识见，传授法相学；一个主张诸法性空，传教中观应成学说。萨迦派僧人戴红色、莲花状僧冠，穿着红色袈裟。在佛教哲学上，萨迦派特别推重“道果”教授，在教义中最重要的是“道果法”。萨迦派的贡嘎坚赞、八思巴等诸多叱咤风云的人物对西藏的稳定和祖国统一，作出了不可磨灭的贡献。萨迦寺在我国历史及藏传佛教史上具有重要的位置。寺内的藏经库所藏一万余种佛经、佛典，是八思巴时期集中了卫、藏、康三地区的缮写家用金汁、银汁、朱砂、宝石和墨汁精心抄写的，堪称佛教中之珍宝。萨迦寺另有一部“方经”，长、宽各一公尺，上下均用夹板保护着，全部用金汁写成。更被视为宝中之宝。整个萨迦寺共藏佛教经藏四万多卷，其中包括一定数量“贝叶经”，学术界称萨迦寺为“第二敦煌”。