清光绪五年三月二十日（1879年4月11日）[17] ，于右任出生在陕西省三原县城东关河道巷的一户贫寒人家里。因为他是午后4时左右诞生的，属于申时，所以父母就给他取乳名叫“申生”。他的大名叫“伯循”，字诱人，取《论语·子罕》“夫子循循然善诱人”之意。后来他改字佑任，又作右任，遂以此行世。于家祖上世居陕西泾阳县东乡斗口村，当地人称为“斗口于家”。其家以农为业，后因收入不足赡养家口，乃弃农经商。于右任因自己出生在三原，后来又在三原读书应试，便著籍为三原人。[12][36]
于右任少年时代家境贫寒，父亲于宝文长期在四川江津（今属重庆）、岳池等地当学徒，母亲赵氏是甘肃静宁逃荒到陕西的饥民。于右任三岁时，母亲病逝，其时父在蜀经商未归，遂由伯母房氏抚养，寄居在泾阳县杨府村房氏外家。房氏家境贫寒，生计艰难，于右任幼时受雇鞭炮作坊做小工，伯母日夜操持家务，劳累过度，常眼窝发青。因此，于右任终生不忘伯母和房氏外家的养育之恩，成年后常在人前及诗文中称颂之。[17][36]
于右任七岁入私塾求学，勤奋苦读，每晚必至三鼓；十一岁时随名儒毛经畴读经书、习诗文。[17][22] 继而又从学于西北宿儒朱佛光。朱佛光曾登乡举，思想开明激进，是陕西以经学家最早提倡新学之人。因不满清廷黑暗腐朽统治，他以授徒著述进行民族和爱国思想教育。于右任从学期间，耳濡目染，受到朱佛光的熏陶。[36]
光绪二十一年（1895年），于右任以案首（第一名）成绩考入三原县学，成为秀才。[17]