1538年8月6日，贡查洛·希梅内兹·德·奎萨达（Gonzalo Jiménez de Quesada）在原奇布查人的小城Bacatá（意为“高的田地”）处正式宣布建立了波哥大。奎萨达以他的故乡西班牙格拉纳达的名字命名这座新城市为圣达菲（Santa Fe），但是很快就有人在这个名字的后面加上了原来印第安人地名衍生过来的波哥大这个名字，因此这座城市的全名是波哥大的圣达菲（Santa Fe de Bogotá）。但是同年另外两支远征队也来到这里与奎萨达争这座新城市，最后奎萨达向这两支远征队付钱后他们才撤回。为了保障他的权利，奎萨达于1539年4月又一次正式与这两支远征队的首领从形式上和法律上宣布建城。 波哥大
波哥大是新格拉纳达的首府，它与卡塔赫纳一起是当时哥伦比亚最重要的城市。
当时波哥大的居民主要是在新大陆出生的西班牙裔人，在他们的影响下在波哥大产生了哥伦比亚独立运动。1810年7月20日，哥伦比亚首次从西班牙独立，虽然西班牙此后重占波哥大，但是1819年哥伦比亚终于完全独立。同年波哥大成为大哥伦比亚首都，但是大哥伦比亚很快就分裂为今天的厄瓜多尔、哥伦比亚和委内瑞拉。此后波哥大多次受内战的冲击，其中最有影响的是保守派和自由派之间从1899年到1902年的“千日战争”（Guerra de los Mil Dias）。
1905年，波哥大的居民数达到十万。波哥大的居民数在20世纪里不断增长，同时它的艺术生活也不断提高，它获得了“南美洲的雅典”的称号。
1948年，美洲国家组织在波哥大成立。但是由于当时非常受欢迎的自由党的总统候选人于4月9日被刺，成立活动中止。事后在波哥大爆发了为期数日的动乱，愤怒的暴乱者在市内洗劫。后来的古巴首领菲德尔·卡斯特罗当时正住在波哥大。这个时间对波哥大本身的发展也有很大的影响。此后许多富人从市中心移居到市郊，尤其是市郊北部的村镇。
1950年，随着城市西部的国际机场的建设波哥大的市区向西发展。由于市东山区的局限城市当时已经无法向东发展了。一个短期的独裁统治很快就被自由党和保守党联合组成的“民族阵线”（Frente Nacional）推翻了。
为了防治苏联在拉丁美洲扩张其影响力，美国在美洲国家组织中发动了“发展联盟”的运动。1961年，美国总统约翰·肯尼迪为推动这个运动访问波哥大，从中发动了建设一个新的市区的活动。这个名为肯尼迪的新的市区有上百万居民。由于1948年动乱后哥伦比亚全国各地不断发生动乱，许多难民逃往波哥大。波哥大从不到五十万人的城市暴涨到了21世纪初的七百万居民。