企业将电子账册按海关核销的先后时段划分为若干个手册在出口退税申报系统进行登记。电子账册第一个核销阶段，可视作一个手册虚拟。虚拟的手册号为电子账册号+01，电子账册第二个核销阶段。企业应作为一个新手册虚拟录入登记，虚拟的手册号为电子账册号+02，如此类推。每一个虚拟手册的计划进口总值和计划出口总值可以按上一核销阶段的实际进出口金额录入，合同登记的商品编码为企业主要出口产品的商品编码，合同的有效期均按虚拟手册的登记日期推算半年设定。
分段核销
（一）企业申请核销需提供如下纸质资料：
1、《加工贸易电子账册正式报核申请表》（复印件）
2、《加工贸易电子账册正式报核申请表（表体）》（复印件）
3、《加工贸易电子账册预报核申请表》（内含《本期报核报关单清单》）（复印件）
以上复印件均须由企业注明与原件相符字样并加具公章。
电子账册核销
做好上述调整工作后，其电子账册的核销操作办法，可比照纸质手册方式操作。企业应按国税发[2006]102号第五条规定，在取得海关本核销阶段的核销证明后的下一个增值税纳税申报期内，到主管税务分局申报核销。对之前各阶段均未做核销的手册，分如下两种情况进行核销:
1、如已分阶段分别虚拟多个手册进行登记和申报的，各阶段可按照上述方法分别进行核销操作。
2、如全部进出口数据在一个虚拟手册中申报的，之前各核销阶段之间的余料结转相互冲消，可以不用处理，而只对最后一个核销阶段的余料进行处理后，即可对所有阶段数据视作一个阶段的数据一次性进行核销。
如果企业已取用其它方法对前期阶段数据进行核销的，已核销数据可以暂不作调整处理，待上级正式明确核销方法后再按规定的方法调整。本通知下发后,2007年9月1日后电子账册的登记和核销应按本通知要求进行操作。
电子账册完结的核销
如企业结业或将取消执行电子账册的，企业可按如下要求调整电子账册的核销数据：
（一）企业先按要求填写《电子账册核销跟踪表》（见附表）上报主管国税分局。 （二）企业根据退税机关确认的《电子账册核销跟踪表》虚拟一至数份进口报关单进行金额调整申报，即可完成整个电子账册数据的核销操作。