殷商，为归国所在地。
西周前期，为楚子熊绎之始国。西周后期至春秋前期，为夔子国。春秋中期，属楚。战国后期，称归乡。
秦，设郡县，归乡为南郡所辖。[2]
吴永安三年（260年），分秭归北部置兴山。[5]
汉元始二年（2年），置秭归县。
南北朝北周建德六年（577年），置秭归郡，改秭归为长宁县。
隋开皇三年（583年），罢天下诸郡，改长宁为秭归。
唐武德二年（619年），置归州。天宝元年（742年），改置巴东郡，治秭归。乾元元年（758年），复置归州。
宋，仍名归州。
元至元十四年（1277年），升为归州路，十六年（1279年），降为州。
明洪武九年（1376年），废归州置秭归县，隶夷陵州。十年（1377年），改秭归为长宁县，十三年（1380年），裁长宁县复置归州。
清雍正七年（1729年），置归州为直隶州，隶湖北省。雍正十三年（1735年），升夷陵州为宜昌府，归州直隶州降为县级州，属宜昌府，不再辖县。
民国元年（1912年），改为秭归县，隶属荆南道；民国十一年（1922年），隶属荆宜道；民国二十一年（1932年），隶属第九行政督察区；民国二十五年（1936年），隶属第六行政督察区。
1949，隶属宜昌行政区专员公署。
1958年，撤销宜昌专员公署，建立宜都工业区行政公署。
1961年，改属宜昌专区。
1968年，改属宜昌地区。
1992年，宜昌地区和宜昌市合并，成立宜昌市，秭归县隶属宜昌市。[2]
1995年10月，撤销归州镇、新滩镇和屈原乡，设立屈原镇和香溪镇。原新滩镇和屈原乡所辖的屈原、三星、大周坪、北峰、五指山、板仓、鲁家河、仙女坪、袁家岭、九龙、高峰、双龙12个村划归屈原镇。原归州镇和屈原乡的白果园、高姑坪、贾家店、云雾垭、庄屋岭、羊来洞、肖家垭7个村划归香溪镇。
2001年1月，撤销芝兰乡，划归周坪乡。撤销文化乡，划归郭家坝镇。香溪镇更名为归州镇。
2009年4月，周坪乡更名为九畹溪镇。[6]