大宝法王哈立麻及其前四世的传承，是藏传佛教最早形成的活佛转世系统。元朝皇帝尊崇萨迦派哈立麻所属的噶玛噶举派没有得到元朝统治者的充分重视，因此对他们的转世事务也没有给予关注。[2]
自永乐皇帝开始，明朝统治者将噶玛噶举派的地位提升至藏传佛教各教派的第一位，因而他们的活佛转世事务也受到皇帝的重视。永乐皇帝派遣班丹扎释远赴西藏“审察”大宝法王的“再生”事务，这是中国中央政府对藏传佛教活佛转世事务的第一次审察。[2]
从《源流录》记录的查验双方即使知道永乐皇帝己经逝世，仍然极其认真对待这次审察的经过情况可以看出，他们都充分认识到，班丹扎释的审察体现出：明朝皇帝对于当时西藏主要的教派——噶举派的领袖继承问题，具有最终的认定权。等到班丹扎释回朝，永乐、洪熙两位皇帝均已死去，刚刚即位的明宣宗仍然要“究问葛哩麻巴再生之事”，可见明朝中央政府对于西藏的活佛转世事务重视到何种程度。[2]
370年之后，清朝政府对于西藏主要的活佛转世事务制定了完备的金瓶掣签、皇帝册封的制度。经过中国清王朝中央政府的册封和认定，达赖喇嘛和班禅额尔德尼在藏传佛教中的地位才得以确立。 共2张 十一世班禅
格鲁派创始人宗喀巴的最小弟子根敦朱巴圆寂后，为防止内部分裂，于是袭用噶玛噶举派的转世办法，由根敦朱巴的亲属及部分高僧指定后藏达纳地方出生的一名男孩为根敦朱巴的转世，这就是二世达赖根敦嘉措。由此形成达赖喇嘛活佛转世系统。达赖喇嘛的尊号始用于三世达赖索南嘉措时期。1578年，明王朝顺义王俺答汗赐予索南嘉措“圣识一切瓦齐尔达喇达赖喇嘛”的尊号。此后，格鲁派依此称号追认根敦朱巴、根敦嘉措分别为第一世、第二世达赖喇嘛。1653年，清王朝顺治帝册封五世达赖为“西天大善自在佛所领天下释教普瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”，以中央政府的册封形式确定了达赖喇嘛的封号和地位。此后，历世达赖喇嘛都必须经中央政府册封才能得以确认，成为一项历史定制。 第十六世 噶玛巴让琼利佩多杰
班禅额尔德尼活佛转世系统
宗喀巴的另一著名弟子克珠杰·格勒巴桑，即一世班禅，年长根敦朱巴六岁，且早拜师八年，对创立格鲁派有杰出贡献，因此连同宗喀巴及宗喀巴的另一著名弟子甲曹杰被藏族宗教界合称为“师徒三尊”。1645年，固始汗（清王朝驻西藏的地方首领）赠予罗桑曲结“班禅博克多”的尊号。这是班禅名号的正式开端。其前三世班禅是追认的。四世班禅圆寂后，后藏托布加溪卡的一位幼童被认定是他的转世灵童。这样，格鲁派又建立起一个班禅活佛系统。1713年，清康熙帝正式册封五世班禅为“班禅额尔德尼”，并赐金册金印。从此，历代班禅额尔德尼须由中央政府册封方得以确认，也成为一项定制。班禅额尔德尼活佛转世系统取得了与达赖喇嘛转世系统平等的宗教地位。
活佛转世一般在一年以后，也可因故延长。寻访、认定转世灵童的形式方法多种多样，归结起来主要有非掣签方式和金瓶掣签方式。追本溯源，中央政府直接审察活佛转世真伪事项，实应始于永乐二十二年（或二十一年）委派班丹扎释赴藏审察大宝法王的“再生”情况。[2]