闽南语的支系皆源于泉州漳州音系，但依分化时间的早晚、地理隔阂、漳泉音演变等因素，出现了不等的差异和变化。
闽南语的形成主要是因为两次的移民潮，移民的原因是征蛮、避乱：
第一次：四世纪西晋北方中原地区居民移居入闽，部分初级泉州话的形成于西晋末五胡乱华时期（公元304-439年），北方少数民族入侵中原，伫西晋永嘉二年（公元308年）的时候，中原（河南一带）的衣冠八族（詹林黄陈郑丘何胡）开始避难到福建的泉州晋江流域一带，他们把当时的中原语言（比如，有身、瞑、鳖、斟酌、鼎、箸等）带过来，后来称作“泉州话”。但这次数量很少 ，移民多留在闽江和木兰溪流域。南朝梁天监年间（公元502-519年）析晋安郡南部置南安郡，以保持闽疆南部安定取称，治所在今南安市 丰州镇，领晋安等三县，辖今之厦门、莆田、泉州、漳州一带，但不久就被撤销，直到200多年后的唐朝中期，又在今泉州市区第三次置武荣州，不久改名泉州，泉州市区一带的建制才稳定下来，泉州的安溪、惠安、永春、德化在400多年后的五代时才设县。所以少量“泉州话”就是第三、四世纪的中原音参“吴楚方言”（比如：水薸（phio5）、手ng2、鲎hia）和当地的“越语”[比如：loo3（高）、san2（瘦）、lim（饮）、hiu3（洒）]融合而成的，这就是“白话音”主要的来源，比“读书音”较早。
第二次：唐初陈政、陈元光父囝屯垦漳州，漳州话初步形成于唐高宗总章二年（公元669年）。是时福建南部蛮夷祸乱不安，朝廷派陈政、陈元光父子（郡望河东）南下平乱，平乱了后屯兵伫即马的漳州一带，亦包括今天龙岩地区的新罗、漳平一带，这批人带来七世纪的中古汉语。 唐代设立漳州前不过几千户人家，这些人应为唐朝可以控制的农业户口，在他们之外还有少数蛮僚生活于漳州南部山区。陈元光所率领的唐朝军队与蛮僚为争夺漳州控制权进行了长期的战争，双方交战的最后结果，唐朝控制了漳州沿海平原等广大地区，而蛮僚最终被平定。唐代的漳州还不是很繁华，漳州的发展是在南宋进入第一个高潮。而其具有较大影响的，则是明代独对漳州开放海禁，“市镇繁华甲一方，港口千帆竞相发”是其当时生动的历史写照。 闽南语历史
第三次：九世纪后期王潮、王审邽、王审知三兄弟统治福州、泉州等，泉州话形成。