汉朝以前，市境属疏勒国。神爵二年（前60年），正式归入汉朝版图。 共2张 地图
魏晋，阿图什辖于西域长史府。
隋开皇三年（583年），阿图什属西突厥。
唐贞观二十三年（649年），隶属于安西都护府之疏勒都督府。开成五年（840年），回鹘等部建立喀拉汗王朝，阿图什是其领地。
蒙古汗国，阿图什属察合台汗领地。元明之际，阿图什属东察合台汗国。
明正德九年，叶尔羌汗国建立，阿图什是其领域之一。
清乾隆二十四年（1759年），平定大小和卓之乱后，阿图什受喀什噶尔办事大臣管辖，阿图什庄设阿奇木伯克，管理地方事务。光绪十年（1884年），阿图什辖于新疆省。
民国二十七年（1938年）9月，阿图什设治局成立。将原属伽师县的大阿图什庄和原疏附县的小阿图什庄划归其管辖。民国三十二年（1943年）1月，阿图什设治局升格为县，隶属喀什行政长公署。[9]
1950年3月，成立阿图什县人民政府，隶属喀什专员公署。
1954年7月，克孜勒苏柯尔克孜自治州成立，阿图什县划归其管辖，并成为克州首府。[9]
1986年6月，撤销阿图什县，成立阿图什市。[3]
民国二十七年（1938年），阿图什设治局的区域为大阿图什庄（包括现在的城区，松他克乡、阿扎克乡、阿湖乡）和小阿图什庄（今上阿图什乡）。
1952年4月，将伽师县的哈拉峻（包括现在的哈拉竣乡、吐古买提乡）和格达良乡划为阿图什县属地。