比原核细胞更大、更复杂。有些原生生物可以利用光合作用制造食物，原生生物界至少包含5万种的生物。
由化石得知，原生生物在15亿年前即已存在，它是由原核生物演化来的。大部分的原生生物为单细胞，因此常被认为是最原始、最简单的一群真核生物，是五界中在形态、解剖、生态和生活史上变异最大的一界。此界的界限不很明确，有些原生生物的演化分支很显然的延伸入植物界、菌物界和动物界中。有些原生生物的细胞非常复杂，虽然只是单细胞的个体，但必需像植物体或动物体执行所有的新陈代谢。由此可知，真核生物的起源是生物演化史上的重要突破。
单鞭毛生物是其真核细胞中有单一个鞭毛，或至少其祖先有的一种生物。现今的研究猜测单鞭毛生物会是后鞭毛生物（动物、真菌和其他相关类型）和变形虫的祖先，而双鞭毛生物（有两个鞭毛的真核细胞）则是泛植物（植物和其近亲）、古虫界、有孔虫界和囊泡藻界等生物的祖先。
单鞭毛生物具有一个三基因的融合，这在双鞭毛生物中是没有的。这三个于单鞭毛生物中，但不于细菌或双鞭毛生物中融合在一起的基因可编译成合成嘧啶核苷酸的酶：氨甲酰磷酸合酶、二氢乳清酸酶和天冬酸碳酸转移酶。[1]这必定包含有两次的融合，一对很稀少的事件，使之成为了后鞭毛生物和变形虫的共同祖先。
汤玛斯·卡弗利尔-史密斯曾认为单鞭毛生物的共同祖先有单一个中心粒[1][2]，然而最近的观点是单鞭毛生物的共同祖先是有两个中心粒但只有一条鞭毛的生物，双中心粒（如动物细胞内由两个中心粒组成的中心体）的来源和双鞭毛生物上的不同，为趋同进化的一种。[1]
五界系统中，将单细胞的真核生物归在原生生物界 (Kingdom Protista) 。生物学家在1970年代和1980年代又扩充了原生生物界的界限，而包含了原本在五界中属于植物界和菌物界的多细胞生物，此种分类转移是基于细胞构造和生活史的比较而得的。例如有证据指出，多细胞的海藻比较接近单细胞藻类，而比较不接近植物。此种膨胀的分类法中，使原生生物界包含了类似植物的藻类、类似菌类的原生菌类和类似动物的原生动物类。因为「protist」一字意味着单细胞形式，有些学者认为既然已扩张此界的界限，而建议改名为「Kingdom Protoctista」。不管名称如何，意即将所有不适合归入植物、菌类或动物的真核生物皆放在此界中。