16世纪前，帝汶岛曾先后由以苏门达腊为中心的室利佛逝王国和以爪哇为中心的麻喏巴歇（满者伯夷）王国统治。16世纪初，葡萄牙殖民者入侵帝汶岛。1613年，荷兰势力侵入，于1618年在西帝汶建立基地，排挤葡势力至东部地区。18世纪，英国殖民者曾短暂控制西帝汶。1816年，荷兰恢复对帝汶岛的殖民地位。1859年，葡、荷签订条约，重新瓜分帝汶岛。帝汶岛东部及欧库西归葡，西部并入荷属东印度（今印尼）。1942年日本占领东帝汶。第二次世界大战后澳大利亚曾一度负责管理东帝汶，不久后葡恢复对东帝汶的殖民统治，1951年将东帝汶改为葡海外省。1960年，第15届联合国大会通过第1542号决议，宣布东帝汶岛及附属地为“非自治领土”，由葡萄牙管理。
1974年4月25日葡萄牙爆发“武装部队运动”推翻了独裁政权，葡萄牙开始民主化和非殖民化进程。1975年葡萄牙政府允许东帝汶举行公民投票，实行民族自决。主张独立的东帝汶独立革命阵线（简称革阵）、主张同葡维持关系的民主联盟（简称民盟）、主张同印尼合并的帝汶人民民主协会（简称民协）三方之间因政见不同引发内战。革阵于1975年11月28日单方面宣布东帝汶独立，成立东帝汶民主共和国。同年12月，印尼出兵东帝汶，1976年宣布东帝汶为印尼第27个省。1975年12月联合国大会通过决议，要求印尼撤军，呼吁各国尊重东帝汶的领土完整和人民自决权利。此后联合国大会多次审议东帝汶问题。1982年联大表决通过支持东帝汶人民自决的决议。从1983年至1998年，在联合国秘书长斡旋下，葡萄牙与印尼政府就东帝汶问题进行了十几轮谈判。
1997年亚洲金融危机爆发，1998年印尼苏哈托政权下台。1999年1月，印尼总统哈比比同意东帝汶通过全民公决选择自治或脱离印尼。5月5日，印尼、葡萄牙和联合国三方就东帝汶举行全民公决签署协议。6月11日，联合国安理会通过决议成立联合国驻东帝汶特派团（United NationsMission in East Timor），于8月30日主持东帝汶全民公决。东帝汶45万登记选民中，约44万人参加了投票，其中78.5%赞成独立。哈比比总统当日表示接受投票结果。投票后亲印尼派与独立派发生流血冲突，东帝汶局势恶化，联合国特派团被迫撤出，约20多万难民逃至西帝汶。9月，哈比比总统宣布同意多国部队进驻东帝汶。安理会通过决议授权成立由澳大利亚为首的约8000人组成的多国部队于9月20日正式进驻东帝汶，与印尼驻军进行权力移交。10月，印尼人民协商会议通过决议正式批准东帝汶退出印尼。同月，安理会通过第1272号决议，决定成立联合国东帝汶过渡行政当局，全面接管东帝汶内外事务。