在沿黄泰安、济宁两市的东平县、梁山县、汶上县设有5个副处（县）级水行政管理单位、1个正处级经营性事业单位。机关内设7个正处级职能部门和4个局直事业单位。
1951年5月，中央人民政府财政经济委员会决定，将东平湖划为黄河自然蓄滞洪区；1952年3月，在梁山县安山镇成立东平湖工程管理处（正科级），负责东平湖的防汛岁修事宜；当年12月划归山东河务局，更名为山东河务局东平湖工程管理处。1953年10月，根据东平湖建设需要和行政区划的调整，将其扩建为东平湖修防处（正处级）。1958年3月，山东省人民委员会成立山东省黄河位山工程局（正厅级），驻地为山东省东阿县关山村；1963年12月，位山工程局与东平湖修防处合并为位山工程局；1964年4月，位山工程局驻地迁至梁山县城。1991年9月，位山工程局更名为山东黄河东平湖管理局（正处级）。1996年3月，经水利部同意，东平湖管理局升格为副厅级。2004年10月，山东黄河东平湖管理局更名为山东黄河河务局东平湖管理局。2008年4月29日，山东黄河河务局东平湖管理局机关搬迁至泰安市。
管理的黄河河道上起菏泽市郓城县黄河下界，下至济南平阴县黄河上界，全长67.3千米。河道整体处于宽河道变为窄河道、游荡型河道变为弯曲型河道的过渡段，河道具有上宽下窄、纵比降上陡下缓、排洪能力上大下小的特点。
东平湖蓄滞洪区位于黄河与大汶河下游冲积平原相接的洼地上，地跨泰安和济宁两市的东平、梁山、汶上三县，是黄河下游防洪工程体系的重要组成部分，也是黄河下游唯一的重要蓄滞洪区，承担分滞黄河洪水和调蓄大汶河来水的双重任务，对确保京沪铁路、济南市、胜利油田以及黄河艾山以下两岸的防洪安全具有十分重要的战略地位。东平湖蓄滞洪区总面积626平方千米，分成新、老两个湖区，其中老湖区208平方千米，新湖区418平方千米。
大汶河戴村坝以下河段为大汶河下游（原称大清河），上起戴村坝，下至东平县州城街道马口进入东平湖，河道全长30千米，全河上宽下窄，为宽浅型，溜势相对较稳定的半山区河流。