亨利四世于1553年12月13日出生在纳瓦拉王国联合统治下的贝亚恩公国（今法国波城）。他本是旺多姆公爵安托万·德·波旁与让娜·达布雷特公主（后来的纳瓦拉女王胡安娜三世）的第二个孩子，不满2岁的哥哥在其出生几个月前意外夭折，他有幸成为长子。[1] [14] 亨利在波城的出生地
亨利四世的外公、纳瓦拉国王恩里克二世迎娶了法国瓦卢瓦王朝国王弗朗索瓦一世的姐姐昂古莱姆的玛格丽特，生下让娜·达布雷特，后让娜·达布雷特嫁给了安托万·德·波旁（与法王亨利二世的远祖为法国卡佩王朝国王路易九世）。[14] 所以不管是父系还是母系，亨利四世都与法国瓦卢瓦王室存在着姻亲关系。亨利四世的父亲是波旁家族幼支长子。波旁家族与当朝瓦卢瓦王室同为先祖法王路易九世的子孙。[2]
亨利的童年和少年时代是在贝亚恩的山村中度过的，虽身为王子，但过着节俭、艰苦的生活，衣食住行都如同贝亚恩的农民一样。这是因为野心勃勃的让娜·达布雷特希望他自幼受尽各种苦难，日后可成为伟大人物。亨利自小受的教育也极为严格，母亲为他选择了学识渊博，品行端正的老师。《恺撒回忆录》以及普鲁塔克的著作是亨利爱不释手的读物。他从古代伟人中寻找自己效法的楷模，书中一些著名格言，如“不战胜，毋宁死”，“宽容战败者，严惩倨傲者”，“纷争不除，国无宁日”等， 日后都成为他做人和统治国家的准绳。[14] 正如他在信中所写：“这是我最好的行动准则，是我应遵循的最优秀的管理标准。”不过，他的早期教育最根本之处，在于他直接同人们交往所获得的实际经验。亨利正是基于这一点，而了解到社会各阶层的要求和愿望。即使后来身为一国之主，他仍然保持着这个习惯。[31] 幼年的亨利