关于棕黑锦蛇的种下分类，坡普（Pope）1935年主张将中国关内及内蒙赤峰所产的定为非模亚种Elaphe schreckii anomala (Boulenger)；采自中国东北的东北部、朝鲜和西伯利亚的为模式（指名）亚种Elaphe schrenckii schrenckii Strench。这样，吉林和黑龙江两省所产的属于模式亚种（指名亚种）。辽宁所产的绝大多数为非模亚种，极少量模式亚种。[5]
两个亚种的区别主要表现在成体的色斑上：非模亚种上下唇鳞后缘只有细线状黑边，于体后段和尾部背面有明显的斜行灰黄色横斑，体前段的横纹不明显。而模式亚种背面的横斑较规则，从颈后至尾部都有黄色窄黄斑与黑色宽底色相间，十分醒目，上下唇鳞后缘黑色部分占鳞片的1/2。[5]
但未采用以上分类方式。[8]
体全长1300～1600毫米，系中国东北的大型蛇。成体色斑与幼体差异很大。成体头体背棕黑色，以黑为主，鳞被闪光。自颈至尾约有22～28个黄色窄横斑，横斑宽1～2个鳞列，斑间隔占8～12鳞列。上下唇鳞黄或乳白色，各鳞片后半部为黑色。腹面额部稍黄，余者均为乳白或灰白色，杂有明显的黑斑。幼体色斑与赤峰锦蛇的幼体颇相似，所不同有是体色较黑，具白色横斑；头背白斑纹更明显；腹面灰色，具明显的黑白相间的大斑点，有的排列成棋盘格。[6] 共7张 棕黑锦蛇
颊鳞1，吉林1雄右侧2片；眶前鳞1，部分标本有1小的眶前下鳞；眶后鳞2；颞鳞2（3）+ 3（2，4）；上唇鳞8，3-2-3式，少数7，2-2-3式，吉林1雌左侧9，4-2-3式；下唇鳞9～11，前4～5片切前颔片；背鳞23（21、22、24）-23（21、22、20、19、24）-19（18、17），中央17～21行有微弱起棱，体后段起棱较为明显；雄性腹鳞203～222，平均208片，雌性210～224，平均214片。肛鳞二分，尾下鳞双行，雄性58～76，平均67对，雌性54～69，平均63对。[6]