万历三年（1575年），七月二十一日辰时出生于北京西江米巷药铺中。因其出生时其母唐氏梦有金星入怀，故小名叫金星。其父东海老人时年四十六岁，王思任为其第六子。
万历四年（1576年），春，王思任出痘，不药而愈。
万历六年（1578年），王思任已经能识上百字了。
万历七年（1579年），王思任的父亲补太医院医生，奉礼部尚书之命去巡诊边军。秋，王思任入私塾，取名王思任，字季重，师从姚江毛先生，甚得先生喜爱。
万历八年（1580年），王思任的父亲被分配到刑部任医官，治疗狱囚，所以举家迁到贯城。 王思任彩像
万历九年（1581年），王思任的家搬到了石驸马大街，往西三家就当时的吏部尚书王国光的府邸。这一年，王思任读完了《四书》，开始学习《五经》。
万历十年（1582年），王思任的父亲任江西益王府医官，王思任随父亲顺道回乡扫墓。秋，父子经过潞河，王思任喜欢河水清冽，于是写了一首诗。
万历十一年（1583年），王思任与父亲到旴江，住在金斗窠。夜里有强盗，王思任的父亲起身要开门去捉贼。王思任对父亲说：不可冒险，我们先呼叫捉贼，待四面有回应了，贼人受惊吓，我们再开门捉贼。同年，王思任拜临川吴闻所为师，学习行文。
万历十二年（1584年），王任跟随益州教授、处州卫人易文学习《易经》。三个月后，易文对王思任的父亲说：我教了他三个月，感觉没什么可以教他的了。你有这样的儿子，将来肯定发达，你还当什么王府的属官。注：易文，处州人，贡生，时任益州教授。
万历十三年（1585年），王思任已经读完《左传》、《史记》、《汉书》、《语国》等书。吴闻所以不能胜任，辞别王思任。王思任读这一年江西乡试解元熊尚文的试卷，不意后来二人成为同榜进士。
万历十四年（1586年），王思任读会元袁宗道的试卷，经教谕新昌的俞公讲解，对八股文有了新的认识。
万历十五年（1587年），王思任的父亲辞去益王府医官的职务，带着王思任游历江西。在经过鄱阳湖小孤山的时候遇险，王母唐氏拜小孤山神，才有惊无险的通过。后来王思任出任江州兵备佥事，路过小孤山，想起往事，不由潸然泪下。
万历十六年（1588年），王思任在京师受到桥李人右春坊右庶子黄洪宪的赏识，以四匹绮十两银子聘王思任为其子黄承昊的伴读，受教于山阴人漏坦之先生。读书期间，王思任受到当时的名士董其昌、李光缙、王衡等指点。