福音在埃及传播可追溯到使徒时代。大约公元50年，《马可福音》的作者使徒马可来到埃及传扬福音。马可虽然不是第一个在埃及宣教的使徒（奋锐党西门在此之前到过埃及），但却是对埃及福音事工影响最大的使徒。马可在亚历山大等地宣教，并在亚历山大建立了埃及第一家教会——亚历山大教会。公元68年，马可在亚历山大殉道，但正如古代教父德尔图良所言“殉道者的血是教会的种子，殉道者的血所流经的地方是教会成长的地方。”马可殉道后，福音在埃及迅速传播，信徒大量增加，亚历山大教会一跃成为早期基督教五大教会之一。在教父时代，亚历山大教会涌现了许多杰出的神学家，如亚历山大的革利免(Clement)、奥利金(Origen)等。隐修也是亚历山大教会的传统，基督教第一个修道者和修道院就诞生于此。此外，他们重视对《圣经》的抄写，从而使不少古代抄本得以保存至今。
公元431年以弗所会议后，君士坦丁堡教区的修道士优提克斯提出基督只有神性，其人性已经融合于神性之中的一性论教义。此教义在埃及等地受到普遍拥护，一性论者认为，基督只有一个本性，就是完全的神性和完全的人性（the nature of Humanity and Divinity，意思是说，基督具有一个本性，既不是单纯的神性，也不是单纯的人性，而是神性+人性这样一种特殊的本性），而迦克顿会议确定义基督具备两个本性，那就是基督既具备完全的神性，又具备完全的人性。教会于公元451年召开迦克墩会议，制定《迦克敦信经》，正式确定基督一位二性的教义，主张一性论的埃及教会被视为异端，因而被逐出正统教会。从此，埃及教会与正统教会分离，形成独立的一性论教派。
公元639年，信奉伊斯兰教的阿拉伯人征服埃及，伊斯兰教开始在埃及传播。穆斯林称埃及人为科普特人(Copts；意即是埃及人)，埃及教会也从此被称作科普特教会。穆斯林政府容许“异教徒”存在，但对他们收取税务。付不起税务的“异教徒”可以选择成为穆斯林。在多种因素下，埃及的基督徒日渐减少。但仍有不少人在大环境下坚守基督思想，科普特教会始终在埃及屹立。
埃及独立后，纳塞尔推翻腐败不堪的法鲁克王室，在埃及强制推行社会主义改革。改革使在重税之下，勉强生存的基督徒面临绝境，因为他们世代为生的土地被强制收归国有。于是，害怕再受逼迫的基督徒，一批批地远走海外，在欧美等地建立科普特教会。萨达特上台后，科普特教会的生存状况更加恶化。由于萨达特与以色列议和，激起国内伊斯兰极端主义者的愤怒，他们把仇恨的情绪发泄到国内的“异教徒”身上，科普特教会未能幸免。于是，双方挑衅、冲突四起，教会难有宁日。1981年，萨达特大举逮捕双方信徒，教会大量的主教、修道士被捕，其中还包括科普特宗主教（一译牧首）。不久，萨达特遭到暗杀，副总统穆巴拉克继任，科普特教会遭到的逼迫才暂时平息。