1.原因未明的便血或持续粪潜血阳性者；
2.有下下消化道症状，如慢性腹泻、长期进行性便秘、大便习惯改变，腹痛，腹胀等诊断不明确者；
3.X线钡剂灌肠检查疑有回肠末端及结肠病变，或病变不能确定性质者；
4.X线钡剂灌肠检查者阴性，但有明显肠道症状或疑有恶性变者；
5.低位肠梗阻及腹块，不能排除结肠疾病者；
6.不明原因的消瘦、贫血；
7.需行结肠镜治疗者，如结肠息肉切除术、止血、乙状结肠扭转或肠套叠复位等；
8.结肠切除术后，需要检查吻合口情况者；
9.结肠癌术后，息肉切除术后及炎症性肠病治疗后需定期结肠镜随访者；
10.肠道疾病手术中需结肠镜协助探查和治疗者；
11.需行大肠疾病普查者。
1.绝对禁忌证
严重心肺功能不全、休克、腹主动脉瘤、急性腹膜炎、肠穿孔等。
2.相对禁忌证
（1）妊娠、腹腔内广泛粘连及各种原因导致肠腔狭窄者、慢性盆腔炎、肝硬化腹水、肠系膜炎症、肠管高度异常屈曲及癌肿晚期伴有腹腔内广泛转移者等，如果必须检查时，由有经验的术者小心进行；
（2）重症溃疡性结肠炎，多发性结肠憩室患者应看清肠腔进镜，勿用滑进方式推进结肠镜；
（3）曾做腹腔尤其盆腔手术、曾患腹膜炎以及有腹腔放疗史者进镜时宜缓慢。轻柔，发生剧痛则应终止检查，以防肠壁撕裂、穿孔；
（4）体弱、高龄病例，以及有严重的心脑血管疾病、对检查不能耐受者，检查时必须慎重；
（5）肛门、直肠有严重化脓性炎症或疼痛性病灶、对检查不能耐受者，检查时必须慎重；
（6）小儿及精神病或不能合作者不宜施行检查，必要时可在全麻下施行；
（7）妇女月经期一般不宜做检查。
1.消化道出血
2.肠穿孔
3.消毒不严密而导致肠道感染。
1.术前应充分了解病情，包括详细的病史、体格检查、生化检查和钡剂灌肠等其他影像学资料，了解有无凝血障碍及是否应用抗凝药物，了解有无药物过敏及急慢性传染病等，如怀疑此类疾病则需先进行相关实验室检查以判断有无结肠镜检查的适应证和禁忌证。如果怀疑有结肠畸形、狭窄等，通常先做钡剂灌肠检查，以了解肠腔形状。
2.知情同意。由于结肠镜检查和治疗存在一系列并发症，因此向患者说明检查目的和可能出现的问题，征询其同意并签署知情同意书，交代注意事项及配合检查时的体位。向患者做好解释工作，解除其思想顾虑和紧张情绪，以便取得其配合，保证检查成功。
3.检查前1～2小时进低脂、细软、少渣的半流质饮食，严重便秘的患者应在检查前3小时给予缓泻剂或促动力药以排出结肠内潴留的大便。检查当日禁食早餐，糖尿病患者、老年人或不耐饥饿者可适当饮用含糖水及饮料。