1951年，在缙云山成立了北碚防护林站，1954年改称重庆市缙云山风景管理所，隶属重庆市建设局。
1953年拟建缙云山气象哨，1981年3月正式建立并开始观测缙云山气象。
1954年，中共西南局在缙云山修建干部休养所，共建房48栋，总建筑面积8860平方米。1979年，由重庆市人民政府服务局接管，1983年改称“重庆市人民政府缙云山招待所”。
1961年8月，缙云山农场职工在蕉叶湾烧芋头引起森林火灾，烧毁森林100余亩，缙云山风景管理所在302部队支持下，当年秋季即恢复造林，火灾后该地取名“火烧山”。
1973年5月31日，四川省重庆市革命委员会颁发了《关于加强缙云山风景林区的保护管理，坚决制止破坏风景林木的通告》。
1979年4月，渝发(1979)23号文批准正式成立重庆市缙云山自然保护区，并将“重庆市缙云山风景区管理所”改名为“重庆市缙云山自然保护区管理处”，其主要任务是保护缙云山的亚热带常绿阔叶林及其自然景观，为此，四川省重庆市革命委员会以市革发（1979）51号文颁发了《关于缙云山自然保护区实行封山育林的布告》。
1985年，经重庆市人民政府批准，重编(1985) 56号文正式同意成立重庆市缙云山植物园。
1986年9月，重庆市人民政府颁布《关于加强缙云山自然保护区保护管理的布告》。[2]
2001年晋升为国家级自然保护区。[3]
2015年获得首批“中国森林氧吧”称号。[4]
2022年11月，入选2021-2025年第一批全国科普教育基地补充认定名单。[11]
2023年11月30日，国家林业和草原局公布《陆生野生动物重要栖息地名录（第一批）》，重庆北碚缙云山兽类及鸟类重要栖息地入选。[12]