蕨类植物门下的植物是最古老的陆生植物。在生物发展史上，35000万年到27000万年的泥盆纪晚期到石炭纪时期，是蕨类最繁盛的时期，为当时地球上的主要植物类群。二叠纪末开始蕨类植物大量绝灭，其遗体埋藏地下，形成煤层。[7]
世界研究
蕨类植物门由于它在植物系统发育史上的重要地位，几百年来都受到植物学家们的注意。经过蕨类学家们几百年的探索，创见迭出，已发展成为植物学中一门独立的分支学科——蕨类植物学。对蕨类植物门进行科学的研究可追溯到十六世纪。
在十六世纪以前，植物分类学是按照用途（特别是药用）而分门别类的，过去蕨类植物的记载只是零散地见于一些有关药用、食用的书籍之中，中国的情况也是一样的。到十六世纪意大利植物学家Andrea Cesalpino（1583）才初次提出以器官作为分类的依据，当时蕨类植物与苔藓、藻类、真菌等均统称为隐花植物。
至十七世纪，随着观察逐步深入，植物学的知识不断积累，人们逐渐认识到生殖器官比营养器官的特征具有更为基本的重要性，这为林奈的“性系统”铺平了道路。
林奈的《植物种志》就是这一阶段成果的总汇。在这本书中，林奈的系统是以性特征为主的，他用雄蕊的数目或雄蕊的其他一些明显的特征为基础，把植物分为24个“纲”，1–23纲均为种子植物，最后的第二十四纲为隐花纲，包括了全部具有“隐藏的”生殖器官的植物在内。隐花纲下面分为四个目：蕨目、苔藓目、藻目与真菌目，蕨类植物包含在蕨目之内。
林奈认识17属213种蕨类植物，14个属182种是隶属于现代分类学中的真蕨类之中，其余的属则为现代分类学中的拟蕨类。林奈的分属特征唯一基于孢子襄群这个特征（表面生、边生、圆形、线形等等）。他这唯一的依据尽管非常人为，但却在当时受到热烈的欢迎，尤其是在德国和英国，这是因为林奈的系统满足了当时的迫切需要，当时植物种类迅速增加，正需要一种次序来排列已知的植物。诚然，林奈的系统是肤浅的，明显地是人为的分类系统，同时他对拟蕨类植物的认识也是错误的，他把石松类放在苔藓之中，而把水韭放在真蕨类之中，这是由于当时科学水平的限制所致。[5]