乔木或灌木，或木质藤本，常绿或落叶。茎枝有皮刺，分布于夏威夷、澳大利亚及太平洋一些岛屿的属于Sect. Blackburnia 的成员无刺。叶互生，奇数羽叶复叶，稀单或3小叶，小叶互生或对生，全缘或通常叶缘有小裂齿，齿缝处常有较大的油点。圆锥花序或伞房状聚伞花序，顶生或腋生；花单性，若花被片排列成一轮，则花被片4-8片，无萼片与花瓣之分，若排成二轮，则外轮为萼片，内轮为花瓣，均4或5片；雄花的雄蕊4-10枚，药隔顶部常有1油点，退化雌蕊垫状凸起，花柱2-4裂，稀不裂；雌花无退化雄蕊，或有则呈鳞片或短柱状，极少有个别的雄蕊具花药，花盘细小，雌蕊由5-2个离生心皮组成，每心皮有并列的胚珠2颗，花柱靠合或彼此分离而略向背弯，柱头头状。蓇葖果，外果皮红色，有油点，内果皮干后软骨质，成熟时内外果皮彼此分离，每分果瓣有种子1粒，极少2粒，贴着于增大的珠柄上；种脐短线状，平坦，外种皮脆壳质，褐黑色，有光泽，外种皮脱离后有细点状网纹，胚乳肉质，含油丰富，胚直立或弯生，罕有多胚，子叶扁平，胚根短。 [2]
染色体数2n=32， 64，68，70，72，136。[2]
Linne将有萼片与花瓣之分的种划入崖椒属 Fagara L.，无萼片与花瓣之分的种归入花椒属Zanthoxylum L.。前者多见于热带和亚热带地区，后者主要分布于北半球稍偏北地区。从植物形态学、解剖学、孢粉学及植物化学研究提供的资料说明，无必要把本属细分为两个属。中国植物志采纳广义概念的花椒属，即赞同将崖椒属作为花椒属下的一个亚属。[2]
种质资源（品种）和根据适生条件进行合理品种选择是花椒栽培成功的关键。李庆芝等指出，花椒虽然不用杂交繁殖，但长期来也会发生变异和退化，同样需要品种的纯化和复壮；此外，花椒的道地性较明显，作为中药材应用时应从适宜的地方选择好的品种。毕君等对花椒属葡萄山椒、朝仓山椒、秦安1号花椒、陕西大红袍花椒4个不同品系早期耐低温能力的研究表明，低温对陕西大红袍的抑制程度最大，表现为耐低温能力最差；秦安1号受抑制的程度最小，耐低温能力最强；葡萄山椒和朝仓山椒表现为中等程度耐低温。[4]