1927年4月17日，中国国民党中央政治会议第七十四次会议在首都南京举行，李石曾提出设立中央研究院案，决议推李石曾（煜瀛）、蔡元培（孑民）、张人杰（静江）共同起草中研院组织法。同年5月9日中央政治会议第九十次会议议决设立中研院筹备处，并推定蔡元培、李煜瀛、张人杰、褚民谊、许崇清、金湘帆为筹备委员。 中央研究院第一届院士合影
1927年7月4日，《中华民国大学院组织条例》公布，改列筹设中的中央研究院为中华民国大学院的附属机关之一。10月，大学院成立。11月9日，《中央研究院组织法》公布，明定“国立中央研究院直隶于中华民国国民政府，为中华民国最高学术研究机关”，设立：物理、化学、工程、地质、天文、气象、历史语言、国文学、考古学、心理学、教育、社会科学、动物、植物等十四个研究所。
11月20日，大学院院长蔡元培聘请学术界人士王季同、张乃燕、杨杏佛等30人在南京的大学院召开中研院筹备会及各专门委员会联合成立大会，讨论中研院组织大纲及筹备会进行方法。议决先筹设各研究单位，计有：理化实业研究所、地质调查所、社会科学研究所、观象台四个研究机构，并推定各所常务筹备委员，积极展开筹备工作，并通过《中华民国大学院中央研究院组织条例》。
1928年4月10日，颁布《修正国立中央研究院组织条例》，规定国立中央研究院“为中华民国最高科学研究机关”。宗旨为“实行科学研究，并指导、联络、奖励全国研究事业，以谋科学之进步，人类之光明”。
研究范围包括数学、天文学与气象学、物理学、化学、地质与地理学、生物科学、人类学与考古学、社会科学、工程学、农林学、医学等11组科学。条例还对组织、基金、名誉会员等作了规定。中研院改为不属于大学院的独立机关。4月20日，国民政府委员会第五十六次会议任命蔡元培为院长。4月23日，特任蔡元培为院长。5月，启用印信。 蔡元培任院长的委任状