亳州，古称亳，别称谯城，亳字拆分，由高字头和宅字底组成，所以又称“高宅之地”。
远在七八千年以前，就有人类在此繁衍生息，是中华民族古老文化的发祥地之一。炎黄时代，帝喾代颛顼为帝，都于亳（今亳州市）。夏朝，境西北为有虞氏,东南为涂山氏。商成汤灭夏，建立商朝，都于亳190年，在亳境内建嵇方国。[78]
魏文帝黄初二年（221年），谯被封为“陪都”，与许昌、长安、洛阳、邺并称为“五都”。
北周大象元年（579年），改南兖州为亳州，亳州之名，始见于此。唐开元年间，亳州为天下十望州府之一。
元至正十五年（1355年），刘福通起兵反元，拥韩林儿在亳州称帝，建“宋”政权，以亳州为国都，至此亳州成为三朝古都之地。
民国元年（1912年）亳州改为亳县。[53]
民国37年（1948年）8月成立亳州市。[51]
1949年2月市、县合并，恢复亳县建制，隶阜阳专员公署。[61]
1950年10月，更名为亳县人民政府。
1956年6月，改称亳县人民委员会。
1964年，国务院决定从阜阳、涡阳、蒙城、凤台各划出一部成立利辛县。
1986年3月11日，国务院撤销亳县建制，建立亳州市（县级），以原亳县行政区域为亳州市行政区域。[46]
2000年5月11日，国务院批复，撤销县级亳州市，设立地级亳州市，市人民政府驻新设立的谯城区。[54]
2000年5月11日，将阜阳市管辖范围的涡阳县、蒙城县、利辛县划归新设立的地级亳州市管辖。亳州市辖涡阳县、蒙城县、利辛县和新设立的谯城区。[16]
截至2022年11月，亳州市辖涡阳县、蒙城县、利辛县和谯城区3县1区，其中谯城区为市委、市政府机关所在地，全市共有乡镇、街道88个，其中乡镇79个，街道9个。市政府驻谯城区希夷大道588号。[17]