天子降世
在距今三千多年前的商朝，帝乙之子受德继承王位，成为了商朝的第二十八任君王，史称殷纣王。自纣王登基以来， 整日沉迷于妖后妲己的美色中，横征暴敛，苛政虐民，将都城朝歌修建的金碧辉煌，极尽奢华，以供他享乐之用。 游戏截图
在朝歌皇城三里外的灵山之巅，是商朝历代君王祭拜苍天的地方，也是镇国龙龟的供养之处。六百年来，龙龟巍然不动保佑着商朝国泰民安。然而，在纣王昏庸无道的统治之下，殷商百姓民不聊生，怨声载道，使得护国龙龟遭逢大劫，哀嚎连天，终于七窍流血，爆体而亡。
镇国龙龟惨死后，紫微帝星的光芒也逐渐黯淡，正值此时，西方天际紫气乍现，远在西岐的西伯侯姬昌次子“姬发”降世了。出生于异象之中的姬发，生来便拥有九九至尊之命，西伯侯姬昌恐其难以承受如此显贵的命数，便运用九鼎阴阳挪移大法卸去其至尊之气，结果却在机缘巧合下，成就了姬发九五至尊之帝王命格。
历经磨难
为了消除姬发对自己皇位的威胁，纣王屡施毒手予以加害，而商朝周边的各大势力，也因为不同的目的，对姬发展开了追杀，逼得姬发离开西岐，开始了磨难重重的逃亡之路。
途经飘渺城时，姬发被飘渺城主抓获，并以他为诱饵妄图消灭西岐。幸得白毛虎、朱雀等人的帮助，姬发练成了女娲的绝世神功——浑天宝鉴，并同姬昌，绿毛老祖一起，将飘渺城恶势力全部铲除。 游戏截图
抵达朝歌面圣后，姬发被大祭司与魂祭司夺取了三魂，想要将其炼成灵人代替龙龟护佑商朝国运。幸而姜子牙、姬考等人及时赶到，力战两大祭司，帮助姬发成功脱离险境。
为了给姬发还魂，一行人奔赴魔教，向魔君借取天帝之剑。并与南楚王鄂祟禹率领的申公豹、天母圣姬、雷电门等高手在南楚三域展开了恶战。正当战斗激烈进行之时，姬发在三域之一的仙域巧遇天帝之女，并从其口中得知了一段上古神魔之战的往事。在天帝之女的帮助下，姬发顺利得到天帝之剑，重新夺回了三魂，也解开了自己是天帝传人的身世之谜。
加冕帝王
当姬发经历磨难之时，师承元始天魔的纣王也在不断的修炼天魔功，以求成为天下无敌的王者。然而其师元始天魔野心勃勃，想要夺取皇位，登基为王，于是纣王集合一尤子、魔帅等众多高手，联手将元始天魔铲除，而纣王也吸取了元始天魔的功力，成为了大天魔的传人。 游戏截图
魔性越来越重的纣王，不断吸取了众多高手的功力据为己用，更加害了姬发的父亲姬昌与兄长姬考。背负家仇国恨的姬发，也领悟了天帝之剑的奥妙，练成了足以与纣王抗衡的天剑神功，于是高举义旗，兴兵伐纣。
朝歌城外，牧野之郊，一场关乎天下苍生命运的战争即将开始。天帝传人姬发与大天魔传人纣王，两个背负着上古神魔意志的人展开了最后的决战。阴险狡诈的纣王，将姬发引入商朝皇陵，想要利用皇陵帝气将其击败，在这关键时刻，天帝之女与姬发领悟了天剑神功的最终奥义，将纣王成功击败。心灰意冷的纣王在熊熊烈火中焚身而死，而姬发也顺应天命，成为了万世敬仰的周武王[2] 。