已知最古老的奇蹄目动物是发现于北美和欧洲的大约5500万年前的始马，又被译名为始祖马，因为它是最早的马化石。亚洲也发现过此属动物，但时代稍晚。北美是马科进化发展的中心，早第三纪期间，由早始新世的始马几乎直线地发展出山马、后马、中马、细马。其他大陆这时虽也曾有马类的发展，如中国的黔马 ，但不是进化的主支。新第三纪期间，马类多次由北美迁往其他大陆 ，中国中新世的安琪马 ，中新-上新世的三趾马都是由北美迁入的 。第四纪的真马也源于北美。 奇蹄目动物进化史
在第三纪初期，多数奇蹄目是小型动物，最古类型的前肢各有4趾，后肢均为3趾。在各地发现的中、上新统的三趾马化石，四肢两旁的侧趾逐渐缩小，而现存马科动物的四肢侧趾甚至消失，第3趾高度发达，同时四肢也高度特化，肱骨和股骨很短，桡骨和胫骨特别延长，这反映出马科动物的远祖从适应森林泥土跃行到逐渐适应草原奔驰的过程。
脚的中轴通过中趾，第一趾（大拇指）和第五趾一般都已消失，这样，前后脚通常只有3个趾起作用，在进步的马类中甚至只有1个趾。多数动物趾端为蹄，但有一科指端为爪。在奇蹄目的踝部，距骨近端有一双重隆起的滑车形的面，以与胫骨相关节，远端与踝部其他骨头相连处则为一扁平的面。奇蹄目的股骨，在其骨干的外侧有一显著的突起，名第三转子。这类动物的门齿通常齐全，组成一剪割植物的有效器官，犬齿退化或消失；前臼齿在进化过程中逐渐趋向高度臼齿化。 貘科
奇蹄目除有科学研究的价值外，在动物园展出中亦占重要地位。某些野生马类还可与同类的家畜杂交，供改良育种的科学实验用。各国已采取措施，积极保护这类珍稀动物。
奇蹄目可分类3个亚目，而现存奇蹄目只有马科、貘科和犀牛科3科7属17种。