异位妊娠的病因以输卵管相关病变最为多见，避孕失败、辅助生殖技术应用等其他因素也可造成异位妊娠。
异位妊娠，以输卵管妊娠最常见，约占95%。受精卵本应通过输卵管进入子宫着床，而患者的输卵管某个部位出现问题，受精卵在该部位被阻挡后，则在该部位开始着床发育，即形成异位妊娠。
输卵管问题
输卵管炎症或感染：慢性炎症可造成组织粘连，输卵管扭曲、堵塞或狭窄，输卵管蠕动减弱，受精卵运行受阻，该类型患者怀孕时有异位妊娠风险，甚至出现不孕。
输卵管发育不良：如输卵管过长，受精卵还未走到管口就着床了。或出现输卵管肌层发育差、黏膜纤毛缺乏、输卵管畸形等。
输卵管周围组织肿瘤：如子宫肌瘤、卵巢肿瘤压迫，影响管道通畅。
输卵管妊娠史：曾有输卵管妊娠史，不管是经过保守治疗后自然吸收，还是接受输卵管保守性手术，再次异位妊娠的概率可达10%。
输卵管手术史：如输卵管绝育术、输卵管粘连分离术、输卵管造口术等。
输卵管发生子宫内膜异位症。
盆腔炎波及输卵管。
避孕失败
放置宫内节育器或口服紧急避孕药避孕失败，发生宫外孕的概率大。
其他风险因素
曾经进行体外受精等辅助生殖技术；
吸烟；
年龄增长；
有多个性伴侣；
内分泌异常（体内性激素水平失调）；
精神紧张。
输卵管妊娠的临床表现与受精卵着床部位、是否流产或破裂以及出血量多少和时间长短等有关。
早期症状
在输卵管妊娠早期，若尚未发生流产或破裂，常无特殊的临床表现，其过程与早孕或先兆流产相似，可能出现腹痛。