富士山的形成大约有1万年，是非常典型的层状火山，从形状上来说，属于标准的锥状火山。基底是第三纪地层。第四纪初，火山熔岩冲破了第三纪地层，喷发堆积后从而形成了山体，后来又经过多次的喷发，火山喷发物层层堆积，就成为了锥状成层火山。迄今为止，富士山在山体形成过程大致可以划分为以下四个阶段，分别是先小御岳、小御岳、古富士、新富士。其中，以先小御岳的年代最为久远，那是在数十万年前的更新代形成的火山。2004年4月东京大学地震研究所经过调查研究发现，在小御岳下又发现了年代更为久远的山体，便把这第四座山体命名为“先小御岳”。古富士则是从8万年前左右开始直到1万5千年前左右持续喷发的火山灰等物质沉降后所形成的，它的高度接近标高3000米。根据推测，当时的山顶应该位于现在的宝永火山口北侧1千米—2千米处。[6]
距离现在大约一万一千年之前，古富士的山顶西侧突然迸发出大量的熔岩。这些熔岩就形成了现有富士山的主体即新富士。从此以后，古富士与新富士的山顶开始东西并列。约2500～2800年前，古富士山顶的部分地方由于风化的作用，继而引起了大规模的山崩，所以现在便只剩下新富士的山顶还屹立在天地间。[6] 在8000—4500BP之间，小型的爆炸性喷发主导了活动，而在4500—3000BP之间，又出现了另一段主要的熔岩流。随后发生了间歇性的大爆发，伴有次级熔岩流和小的火山碎屑流。峰顶喷发在3000至2000BP之间占主导地位，之后两侧的喷口活跃。广泛的玄武岩熔岩从山顶流出，100多个侧面锥状体和通风口中的一些堵住了通往火山北侧三坂山脉的排水道，形成了富士五湖（Fuji Five Lakes），是受欢迎的旅游胜地。[37]宝永山是富士山周围最为显眼的寄生型火山，位于富士山的东南斜面，它的形成是在日本历宝永四年，标高2693米，而在宝永山的西侧，也有一个巨大的火山口。并且在富士山域降下的雨雪都会在其地表下形成地下水脉继而蜂拥而出，主要的景点有四个，即忍野八海、白线瀑布、柿田川、涌玉池。[6] 富士山的构造图