湄洲湾位于台湾海峡西岸，福建省沿海中部，泉州市和莆田市会合处，具体为莆田市仙游县、城厢区、秀屿区和泉州市惠安县、泉港区交汇处，其中泉州港肖厝港和斗尾港是“中国少有，世界不多”的多泊位天然深水良港。 湄州湾三面环山，湄洲岛横亘湾口；往湾内5海里，盘屿、大竹屿、小竹屿、小霜屿等呈东北—西南排布；再往内7海里 ，有罗屿、横屿和洋屿平列，形成三道屏障，避风避浪条件好。湄洲湾深入内陆约18海里，航道既长且宽。湄洲湾沿岸港分为：东吴港区、秀屿港区、肖厝港区、斗尾港区等4个港区。
湄洲湾
早在2008年湄洲湾已经开始整合。 2008年8月，福建省委常委会和省长办公会议研究通过《湄洲湾港口体制一体化建议方案》，湄洲湾港口体制一体化改革进程就此启动。2009年6月4日，福建省委编办正式批复设立福建省湄洲湾港口管理局。据福建省人民政府2008年17号省长办公会议纪要、2009年第97号福建省人民政府《关于研究湄洲湾港口一体化有关工作会议纪要》精神和福建省机构编制委员会办公室《关于设立福建省湄洲湾港口管理局及相关事业单位问题的批复》(闽委编办[2009]97号)，福建省交通厅受命发布公告： 自2009年8月3日起，福建省湄洲湾内泉州市港口管理局所辖的肖厝、斗尾港区．与莆田市港口管理局所辖的秀屿、东吴港区合并组成新的湄洲湾港，成立福建省湄洲湾港口管理局。新组成的福建省湄洲湾港各港区对外统称湄洲湾港秀屿港区、湄洲湾港东吴港区、湄洲湾港肖厝港区、湄洲湾港斗尾港区。 湄洲湾囿于诸种历史因素，导致两个港口各属泉州市与莆田市管辖，形成“一湾两制”尴尬局面，成为湄洲湾整体发展障碍。福建省湄洲湾港口管理局在泉州 。
2009年8月2日上午，福建省湄洲湾港口管理局、福建省湄洲湾港口开发有限责任公司正式挂牌成立，标志着湄洲湾港口一体化迈出关键步伐。至此，福建省厦门港、福州港和湄洲湾港三大港口格局正式形成。拥有3752公里海岸线125个港湾的福建省，早年没有一个枢纽性大港。随着海峡西岸经济区建设，促使福建省重新整合港口资源。新成立的湄洲湾港口管理局将统一管理原来分别隶属于泉州和莆田的四个港区。从此湄洲湾区域内港口将统一名称。这是福建省继2006年成功整合厦门湾内隶属的厦门、漳州两地8个港区之后，推进跨设区市行政区划港口资源整合的又一重大举措。2012年的公告的新“湄洲湾港”整合，是在2009年湄洲湾区域内港口整合的基础上，再扩大，扩大涉及泉州港的泉州湾、深沪湾、围头湾港区和莆田港的兴化湾港区，在原来的四大港区扩容为八大港区。湄洲湾港将协调发展大宗散货和内贸集装箱运输，力争在“十二五”末建成年吞吐量达2亿吨的主枢纽港。湄洲湾港下辖泉州肖厝港、泉州斗尾港、莆田秀屿港、莆田东吴港四个港区。湄洲湾十万吨级主航道偏向泉州一侧。