上丘脑位于第三脑室顶部的周围。包括松果体、缰核及缰核的联系纤维。松果体形如松果，约5mm×7mm大小。位于中脑上丘或顶盖前区的背上方。其首端通过松果体柄与背侧的缰联合和腹侧的后联合相连。松果体在人类可能具有抗促性腺激素的作用。此外，松果体激素还可能影响产生生长激素、促甲状腺激素和促肾上腺皮质激素的垂体细胞。缰核位于松果体首端、丘脑背内侧的缰三角内。有内侧缰核和外侧缰核。在丘脑背内侧缘行走的丘脑髓纹为缰核的传入通路，其多数纤维始自边缘系统的隔区、下丘脑和苍白球。缰核发出缰核脚间束，终止于中脑顶盖的脚间核，经过网状结构的转接，脚间核可影响下丘脑和自主神经系统的节前神经元。终止于对侧缰核的丘脑髓纹纤维组成缰联合。
昼夜节律：昼夜节律是生物的基本生命特征之一，它的稳定是机体正常生理功能进行的基础。许多资料证明：外界光照可通过下丘脑视交叉上核(（略）果体(PG)来调节昼夜节律，并使内源性昼夜节律和环境的24小时昼夜节律同步，提示SCN和PG在机体昼夜节律的调节中起重要作用，缰核(Hb)密切联系这两个结构，并且Hb本身也有视网膜纤维投射，因此，Hb可能介导SCN—PG昼夜节律的信（略）CN和PG等结构共同组成中枢昼夜节律控制系统。
动物恐怖反应机理：当捕食者或危险突然降临的时候，立刻逃跑或是站立不动，这种行动选择决定着动物的生死。在这些恐怖条件下反复进行适当选择的动物才能够持续生存。科学家们很早便开始了对人类社会有关恐怖和压力应答的大脑机能和障碍、创伤后应激障碍（PTSD）等精神疾病的研究。已知的研究成果认为，从恐怖经验学习得来，并在其后的行动中反应出的能力，随着进化被广泛保存下来。
之前研究认为，对恐怖的记忆以及基于这些记忆的行为是由称为“杏仁核”的大脑部位等各种大脑领域参与，面对恐吓，是“站立不动”还是“逃跑”，哪个神经经路决定选择结果迄今为止尚不得知。研究小组从称为“缰核”的大脑神经核着手，选择了脊椎动物中具有最单纯大脑的斑马鱼为研究对象，以期解读“缰核”与基于恐怖经验的行动的关系。研究小组阻断了经过基因置换的斑马鱼“缰核”外侧核脑部位的活动，结果发现，斑马鱼丧失了基于恐怖经验的逃避行为，而出现了一动不动的异常行动。研究人员认为，基于过去的恐怖经验，当再次记忆起相同情况时，“缰核”外侧核对“防御性反应选择”具有重要功能。