自噬（autophagy）是由Ashford和 Porter在1962年发现细胞内有“自己吃自己”的现象后提出的，是指从粗面内质网的无核糖体附着区脱落的双层膜包裹部分胞质和细胞内需降解的细胞器、蛋白质等成分形成自噬体（autophagosome），并与溶酶体融合形成自噬溶酶体，降解其所包裹的内容物，以实现细胞本身的代谢需要和某些细胞器的更新。
自噬的发现可以追溯到上世纪50年代溶酶体的发现。1955年，比利时生物学家 Christian de Duve及其同事将大鼠肝细胞裂解物多重离心后，获得沉降能力介于线粒体和微粒体之间的颗粒，并发现其中含有酸性磷酶、组织蛋白酶、β-葡萄糖醛酸苷酶、核糖核酸酶以及脱氧核糖核酸酶等水解酶。因此，根据其功能特点，将其命名为“溶酶体（lysosome） ”。1957年，Clark在运用电镜观察新生小鼠肾细胞的分化时，意外地观察到在细胞质中存在一些大小、形状不一的包裹着无固定形状的、致密的片层结构，甚至是线粒体的致密体。基于溶酶体研究的深入，1963年，在伦敦召开了“溶酶体CIBA 基金研讨会。在这次会议上，基于大量的观察和形态学研究，C.de Duve 提出了“自噬（ autophagy） ”的概念。
随着自噬的概念被提出，相关研究报道不断，其中，在1967年，C. de Duve 课题组发表2篇关于胰高血糖素可诱导自噬的文章，并得出溶酶体确有可能参与自噬的结论。1968年，Arstila和Trump利用胰高血糖素诱导自噬，发现自噬形成于粗面内质网表面，并发现一种包被着细胞组分却无水解酶的双层膜结构，即自噬体（autophagosome）和另一种含多种水解酶的单层膜结构，即自噬溶酶体（autolysosome）。