北京晏阳初农村教育科技发展中心的前身，即晏阳初平民教育与乡村建设委员会（筹）从2002年开始即以乡村建设论坛为平台，在国内开展乡村建设的宣传和动员工作，并依托中国经济体制改革杂志社，与福特基金会合作推动“大学生支农调研”的项目，该项目为期两年，协助全国各地一百多所高校建立了一百多个涉农学生社团，大学生利用假期到农村和工厂、建筑工地做短期支农调研一时慰为风尚。此后这一项目发展为“农村发展人才计划”，直到现在。通过这个项目，中心积累了大量可动员的青年才俊，他们有理想，有志愿精神，愿意深入到农民和工人中间，发现问题，解决问题。同时，中心也获得了初步的项目执行经验。
2003年以后，中心作为晏阳初乡村建设学院的发起单位之一，开始走向农村，深入到农民的实际生产生活当中，并在此过程中，推动以组织创新和教育创新为主要内容的农村综合发展工作，同时开始面向全国培养农民合作经济组织的带头人。截止目前，中心参与发起的农村综合建设试验区有七个，分别在河北、河南、宁夏、海南、福建、安徽、吉林，依托这些试验区开展的合作组织培训，培养了上千人次的农村建设人才。与此同时，中心还开展“田间地头丛书”的编辑工作、乡村建设论坛及乡村建设媒体沙龙的组织工作。
2007年开始，认识到作为农村建设主要力量的青壮年大部分已离开农村到了城市，聚居在工业区、城中村和建筑工地里，中心乃开始在福建厦门农民工聚居区开展以教育文化为主题的服务工作，现已历时近三年，积累了较为丰富的农民工社区工作经验，培养了众多的农民工社区工作人才。
多年来，中心在进行业务拓展的同时，也很注意团队的建设问题，团队成员分别参加过以下机构举办的能力建设培训：上海绿根力量、阿拉善生态协会、自然之友、工合国际委员会、NPO信息咨询中心、中山大学公民社会研究中心、行动援助中国办公室、北京工友文化发展中心、北京梁漱溟乡村建设中心等。目前中心已有十八位学有专长的工作人员，奋战在海南、福建、北京等地。
2006年，中心总干事邱建生被中国人民大学农业与农村发展学院、中国农业大学人文学院、中国社会科学院农村发展研究所等机构评为“新农村建设年度人物”。
海南新农村建设实验区
致力于推动海南省的农村合作经济和文化组织建设，成立了全国首家农村社区大学，并在此平台上，开展全省范围的合作社培训和指导。基地同时与海口市科学技术与信息产业化局合作，开展农村信息化建设的试点工作。
厦门国仁工友之家
于2007的6月在福建厦门的工友居住集中区建立，关注农民工进城后的继续教育和文化权利问题，通过在农民工居住社区举办夜校、图书室、文化活动室，改善工友的教育和生活环境，促进农民工的成长和社区融入，进而为缓解“三农”问题做出努力。是厦门大学、集美大学等高校的定点实习基地。