通常注册会计师的审计收费一般由三部分构成。一是审计产品成本。即执行必要的审计程序、出具审计报告所需要的费用，包括资料费、审计人员报酬、外勤费等；二是风险成本。即由于审计风险的存在而导致的预期损失费用，包括诉讼损失和恢复名誉的潜在成本等；三是事务所的正常利润。按照西方国家的研究成果，西方发达国家公认的审计等业务计费标准为审计等项目所需的审计工作小时。
在我国，注册会计师行业的审计收费制度实行政府定价模式。注册会计师审计收费的依据是《中华人民共和国价格法》和《中介服务收费管理办法》。会计师事务所审计收费时实行政府指导价，审计收费标准由各省级财政部门会同物价管理部门制定，各地具体的收费办法由当地财政部门会同物价部门联合制定。
(一)审计收费标准缺乏规范性。
我国注册会计师行业一直缺乏相对统一合理的审计收费标准。审计业务收费实行政府指导价，并由各省级财政部门会同物价管理部门制定审计收费标准。但我国的审计收费标准只有原则性规定，在具体执行中存在差异，地区之间、会计师事务所之间以及审计人员之间的差异明显。我国并没有全国统一的审计收费计量基础，有的会计师事务所按公司总资产计算收费，有的按营业收入计算收费，更多的则是通过与被审计单位的讨价还价来确定具体收费金额，具有很大的随意性。审计收费缺乏行业指导标准，在一定程度上造成了事务所之间在价格上的恶性竞争，也从审计收费的角度造成了审计市场的混乱，从而对审计的独立性和审计质量产生了负面影响。
(二)我国本土会计师事务所审计收费普遍价格偏低。
从中国注册会计师协会发布的《全国会计师事务所百家信息》的数据来看，四大国际会计师事务所的审计收入不仅连年稳居前四位，而且遥遥领先于我国本土会计师事务所。以2008年度的数据为例，中注协发布的《2009年会计师事务所综合评价前百家信息》中前15家会计师事务所审计收入，国内会计师事务所与“四大”相比存在着审计收费普遍偏低的现象。排名前15位的会计师事务所总审计收入为 1，147，090万元，而“四大”中仅普华永道中天一家就以260，984万元占据了前15位总审计收入的22.8%，前15位中11家本土会计师事务所2008年度总审计收入为335，389万元，仅占前15位审计收入总和的29.2%。
综观我国的审计市场，有这样一个奇怪的现象：四大国际所保持着对审计市场的高占有率，他们掌握着更多的优质客户，在审计收费上要远远高于我国本土事务所，但不少大型上市公司，尤其是国有企业，仍对四大国际所提供的高价审计服务趋之若鹜；而且这些被审计单位对高额的审计费用能够接受，对四大国际所的认同度也比较高，双方往往能保持长期稳定的合作关系。随着脱钩改制的全面完成，我国本土事务所的数量越来越多，导致审计市场出现严重的需求不足，供给过剩使得注册会计师面对收费标准显得力不从心，事务所之间压价竞争现象普遍存在，审计回扣现象严重。许多事务所为提高市场占有率，增加业务量而压低收费价格，使得本来就扑朔迷离的审计收费现状愈加混乱。而且，这种低廉的审计收费形式，不利于事务所提取风险基金和执业保险，加大了行业的风险。此外，由于审计收费过低，如果会计师事务所的质量控制程序不完善，注册会计师很容易偷工减料，减少必要的审计程序以压低审计成本，这就势必会严重影响注册会计师的独立性。