巴音郭楞蒙古自治州境域早在西汉初期，西域36国就有若羌、且末、小宛、山国、乌垒、仑头、渠犁、焉耆、危须等11个“城国”和“行国”分立。
西汉神爵二年（前60年），西汉政府在乌垒（今自治州轮台县境内）设西域都护府。
东汉永元三年（91年），东汉王朝时设置西域长史。
唐贞观二十二年（648年），设置焉耆都护府。
元朝起，为西蒙古（漠西蒙古即厄鲁特蒙古）游牧区、统治区。
清朝前期为西蒙古之一的准噶尔汗国统治区。乾隆二十四年（1759年）平定准噶尔之后，设置喀喇沙尔办事大臣，所属焉耆、库尔勒、布古尔实行伯克制。“丝绸之路”南道的卡墙（即今州且末县）、卡克里克（今州若羌县）隶属于阗办事大臣管辖。光绪八年（公元1884年），新疆建省后，设喀喇沙尔直隶厅，光绪二十五年升为焉耆府，先后管辖新平（今尉犁）、若羌、轮台三县。
1949年，中华人民共和国成立后，于1950年4月12日成立焉耆专署。
1954年6月23日，撤销焉耆专署，分设巴音郭楞蒙古自治州（辖焉耆、和静、和硕三县）和库尔勒专署（辖库尔勒、轮台、尉犁、若羌、且末五县）。
1960年12月，库尔勒专署并入巴音郭楞蒙古自治州，州府由焉耆迁址库尔勒。
1970年4月，设置博湖县。
1979年10月，成立库尔勒市。
1983年，将库尔勒县并入库尔勒市，形成八县一市格局。[2]
2012年12月29日，成立新疆直辖县级铁门关市，划归新疆生产建设兵团第二师管辖。[3]
2020年1月2日，部分区域划归铁门关市管辖。[19]
2024年，和静县、焉耆回族自治县、博湖县、尉犁县、且末县部分行政区域划归铁门关市管辖。[28]
巴音郭楞蒙古自治州库尔勒市夜景
截至2024年，巴音郭楞蒙古自治州辖1个县级市、7个县、1个自治县：库尔勒市、轮台县、尉犁县、若羌县、且末县、和静县、和硕县、博湖县、焉耆回族自治县，共50个乡、36个镇、5个街道。[4] 州人民政府驻地库尔勒市巴音东路45号。 共4张 巴音郭楞蒙古自治州