春秋战国时期，为东胡族游牧地。
秦二世胡亥元年（前209年），匈奴占领东胡各地，旗境属匈奴左贤王辖地一部分。
东汉时期，为鲜卑部落联盟东部大人辖地，隶属于辽东属国。
东晋十六国时期，扎旗属前燕国管辖。
南北朝时期，属室韦乌洛侯交错游牧地。
隋朝时期，室韦各部逐渐强盛，分为五部，属南室韦。
唐朝时期，仍为室韦活动地。
辽朝时期，属上京道长春州，韶阳军节度，隶延庆官，兵事隶属东北统军司。
金朝时期，属北京路临潢府泰州境，德昌军节度使辖，兵事属东北路招讨司。
蒙古太祖九年（1214年），成吉思汗统一蒙古草原，对蒙古草原实行“领户分封制”，扎旗为成吉思汗三弟辽王铁木真斡赤金的世袭领地。后因以四世辽王乃颜为首的东部诸王叛乱，封地纳入行省，初属辽阳行省泰宁路辖。
元延佑二年（1315年），改属泰宁府。
元延佑四年（1317年），泰宁府升为泰宁路，仍然属于辽阳行省，后改隶中书省。
明洪武二十二年（1389年），设立兀良哈三卫指挥使司，扎旗朵颜卫所辖，上属大宁都司。大宁都司南迁后，为奴尔干都司所辖。继之，归木塔里山卫指挥使所辖。
明洪熙元间（1425年），蒙古臣阿鲁台为瓦剌部所破，率部南迁避于嫩江，起名嫩科尔沁部以别之。