市教育局机关行政编制为37名。其中：局长1名，副局长3名，纪委书记1名，市教育工会主席1名，市政府教育督导室专职副主任1名；正科级领导职数15名（含机关专职副书记、专职团委书记、监察室主任、老干部科长、工会副主席、女职工委员会主任各1名），副科级领导职数8名。[1]
[2][3]
根据上述职责，荆门市教育局设9个内设机构：
（一）办公室（政策法规研究科、综合治理办公室）
承担局机关重要政务、事务的综合协调和督办工作；负责局机关各类文书的运转和保管工作；负责局长办公会、局务会议及各种综合性会议的组织安排和督办工作；负责局机关并指导市直教育系统文明创建工作；负责局机关基建维修工作；负责局机关政务公开、提案建议办理、新闻宣传、信息及文秘、文书档案、机要保密等工作；制定全市教育发展中长期规划和年度计划；组织、参与、协调教育法规和规范性文件的起草；负责有关教育工作的法规规章及规范性文件草案的综合编报工作；负责教育法规宣传教育和行政执法工作；负责国内外教育动态和教育改革研究，并就重大问题进行政策调研；负责教育行政复议工作；负责有关教育工作的法规规章及规范性文件的收集整理工作；负责局机关年度考核工作；负责局机关后勤服务中心的管理工作；指导全市中小学（幼儿园）学校及周边社会治安综合治理工作，指导全市中小学（幼儿园）安全工作；负责局机关信访工作；指导全市教育系统并负责市直教育系统维稳工作；分析研究和预测学校不稳定因素，指导学校妥善处理突发事件；指导和协调全市教育系统应急管理工作。
（二）基础教育科
承担全市基础教育的综合管理工作；实施全市九年义务教育；指导全市中小学课程教育管理与改革；督促检查教育方针及其教育法规在学校贯彻落实；监测全市义务教育普及状况，指导全市中小学、幼儿园和特殊教育学校管理工作；负责中小学学籍管理；组织全市中考及普通高中的招生工作；规划指导全市信息技术教育、电化教育、图书和教学仪器设备工作；负责直属中小学、幼儿园、特殊教育学校教育教学业务管理工作；负责教育网络中心的管理工作；指导全市教育科研工作；指导全市中小学德育工作、校外教育工作；指导全市教育学会工作；负责学生表彰奖励工作；指导全市青少年活动中心建设，负责市青少年活动中心的指导管理工作。