葡萄球菌属最初与微球菌属（Micrococcus）归为一类。1883年亚历山大·奥格斯顿（Alexander Ogston）在对与微球菌中毒相关的脓液进行显微镜检查时，首次命名了这一菌属。在他的检查中，奥格斯顿描述了两种不同的细胞类型：链状球菌和那些像一串葡萄一样聚集的细胞，他将后者称为葡萄球菌（Staphylococcus）（希腊语σταφυλή (staphylē)，意为一串葡萄）。第二年，安东·J·罗森巴赫（Anton J. Rosenbach）根据它们的色素分离并命名了两种葡萄球菌种，即金黄色葡萄球菌（S. aureus）和白色葡萄球菌（S. albus），[15] 而葡萄球菌属也被其命名为Staphylococcus。[18]
1963年和1965年Baird-Parker等分别根据葡萄球菌的生理学和生物化学特点，将葡萄球菌属分为6个亚群，根据这个分群规则，第I亚群、第III亚群和第IV亚群分别为金黄色葡萄球菌、家畜葡萄球菌和表皮葡萄球菌，第II亚群、V亚群和V亚群为白色葡萄球菌、表皮葡萄球菌和腐生葡萄球菌等的混合亚群。在1965年，国际葡萄球菌和微球菌分类学会将葡萄球菌分为金黄色葡萄球菌和表皮葡萄球菌。[16]
1974年Baird-Parker又介绍了一种新的分群方法，即根据葡萄球菌凝固酶的产生、细胞壁中磷壁酸的类型、甘露醇需氧和厌氧产酸、葡萄糖的厌氧分解、α-毒素的产生、耐热核酸内切酶的产生、A蛋白的产生、生长时对生物素的需要以及对新生毒素的敏感性等为依据，把葡萄球菌分为金黄色葡萄球菌（S. aureus）、表皮葡萄球菌（S. epidermidis）和腐生葡萄球菌（S. saprophyticus）。[16]