1990年2月出任陆军第127师师长。后又调任“陆军总司令部”情报署署长。1994年6月升任陆军第10军团副司令。1995年1月晋升陆军中将。不久后又调任金门防卫司令总副司令官。1996年7月任成功岭大专集训中心主任。1998年1月调任“国防部”参谋本部副总司令、“国防部”联合作战训练室主任。2003年2月任“联勤司令部”司令，晋升陆军二级上将。2004年5月—2007年2月，任“行政院”国军退除役官兵辅导委员会主任委员。2009年9月，高华柱出任台当局“国防部长”。2013年7月，辞去“国防部长”。2015年2月，接替金傅聪，担任“国安会”秘书长。[1] [2]
陆军26师步兵第六营连长（1971年4月～1972年9月）陆军284师第852旅营长（1978年3月～1979年12月） 高华柱
陆军步兵226师第678旅旅长（1985年8月～1987年1月）
陆军官校军训部总教官兼正期学生指挥部指挥官（1987年9月～1990年1月）
陆军官校教育长（1990年1月～1990年7月）
陆军步兵一二七师师长（1990年7月～1992年6月）
陆军十军团参谋长（1992年6月～1993年4月）
陆军总部情报署署长（1993年4月～1994年7月）
陆军成功岭训练中心指挥官（1996年8月～1998年1月）
“国防部”后勤参谋次长室次长（1998年1月～1999年3月）
陆军十军团司令（1999年3月～2000年8月）
“陆军总司令部”副总司令（2000年8月～2003年1月）
“国防部”参谋本部联合作战训练暨准则发展室主任（2003年1月～2003年2月）
“国防部”联合后勤司令部司令（2003年2月～2004年5月）
“行政院”国军退除役官兵辅导委员会主任委员（2004年5月～2007年2月）
“行政院”国军退除役官兵辅导委员会主任委员（2008年5月20日～2009年9月10日）
“国防部长”（2009年9月10日~2013年7月) [3]
2013年7月29日，为对台军役男洪仲丘死亡案件负责，高华柱辞职，空缺由杨念祖接任。[4]
其父 高华柱之父--高芳先将军
高芳先，抗战英雄，1914年5月生，字天佐，山东即墨人，于南京军官学校第3期毕业。曾任青岛国术馆副馆长、中华国术会监事、中华太极拳总会顾问、陆军91师师长、青岛保安旅旅长、青岛市警察局局长、青岛市保安队总队长等职。曾编拟“军中战斗体育莒拳国术教材”，在台中市传授国术，长达二十年。