现知第一个使用该名词的人为奥地利学者约翰·乔治·冯·汉。约翰用东南欧一词来形容比传统名词巴尔干更广阔的地区。不像东欧、西欧、南欧和北欧在联合国有精确的定义，东南欧一词不论在地理上还是历史上均没有被广泛接受的准确定义。
东南欧地区在历史上是一个民族、文化、语言、宗教、国家边界、风俗习惯等犬牙交错、非常复杂的地区。15世纪中期之前，这里处于拜占庭（东罗马帝国）的统治之下，大多奉行东正教。1453年，拜占庭帝国灭亡，奥斯曼帝国在这里建立统治，又把伊斯兰教推行到这个地区，使这个地区在原来的东正教、天主教之外，出现了以伊斯兰教为信仰的穆斯林居民。而这也为近代巴尔干（Balkan）地区不断涌起的冲突埋下了深深的伏笔：例如一战的导火索“萨拉热窝事件”、 九十年代初的“波黑战争“等等，都与该地区复杂的民族、宗教、文化冲突有关。
从19世纪前半期到20世纪初，先是希腊，随后是塞尔维亚、波斯尼亚和黑塞哥维那、保加利亚、罗马尼亚、阿尔巴尼亚，相继从昔日地跨欧亚非三洲的封建神权大帝国—奥斯曼帝国分离出来，建立自己的国家。加上从奥匈帝国分离出来的国家，东南欧出现了一系列新兴的国家，其中塞尔维亚、斯洛文尼亚、克罗地亚、波斯尼亚和黑塞哥维那（波黑）等先后组成了几个南斯拉夫联盟国家。二次大战之后，南斯拉夫成为东欧社会主义阵营中的成员。上世纪80年代末90年代初苏东剧变，南斯拉夫也发生了解体，这个过程中发生了流血冲突，先是克罗地亚和塞尔维亚发生了武装冲突，接着在1993-1995年，发生了长达三年的波黑战争。