东吴大学的渊源可以追溯到监理会在苏州和上海开办的几所学校。1879年起，美国基督教监理会先后在苏州创办博习书院（The Buffington Institute）、宫巷书院（Kung Hang School），在上海创办中西书院（the Anglo-Chinese College）。
1900年，监理会决定合并三所书院，以宫巷书院为基础，在苏州天赐庄博羽书院旧址，扩建为大学。1900年12月学校董事会在上海组成，孙乐文任首任校长。二十世纪初中国第一所民办大学东吴大学正式诞生。
1907年东吴大学首次授予毕业生学士学位（中国第一个文学士学位（沈伯甫））。
1908年东吴大学在美国田纳西州注册名称改为“Soochow University”。
1909年东吴大学颁授三个医学士学位，后未继续（1912年医科撤销）。
1910年东吴大学增设神学科。
1911年3月，孙乐文去世，校董会选举同一宗派的上海中西书院的校长葛赉恩（J.W.Cline）为东吴大学的新校长。这一任命也就使上海中西书院与东吴大学合并组成了东吴大学的文理科。当时大学生人数为50名左右。
1912年东吴大学颁授第一个神学学士学位（同年神学科撤销）。
1915年东吴大学于上海昆山路中西书院原址设立法科，规定学生需在大学文理科学习两年后才能投考。颁授第一个理学士学位。
1917年东吴大学颁授中国第一个硕士学位（徐景韩）。
1918年东吴大学颁授第一个法学士学位。
1927年文理科、法科分别更名为文理学院及法律学院。