1949年3月下旬，中共中央进驻北平，开始酝酿中国科学院，由郭沫若负责。 1949年10月，毛主席向郭沫若颁发中科院印信
1949年6月，中共中央决定由陆定一负责筹备建立科学院，恽子强和丁瓒协助，钱三强和黄宗甄参与。
1949年9月，钱三强和丁瓒共同起草《建立人民科学院草案》，确定中国科学院基本框架。
1949年9月27日，中国科学院成立，为政务院下设单位，行使管理全国科学研究事业的政府行政职能。
1949年10月19日，中央人民政府委员会任命郭沫若为第一任中国科学院院长，陈伯达、李四光、陶孟和、竺可桢为第一任中国科学院副院长。
1949年11月1日，中国科学院在北京开始办公，并将11月1日定为中国科学院成立日。
1949年11月5日，中国科学院接收国立北平研究院总办事处及所属的原子学、物理学、化学、植物学、动物学和史学6个研究，以及原中央研究院历史语言研究所在北京的图书史料整理处所。[3]
1949年11月23日，中国科学院院址迁入北京王府大街9号；1950年6月23日，中国科学院院址迁至北京文津街3号静生生物调查所原址；1966年，中国科学院院址迁往北京西郊友谊宾馆北馆；1970年7月，中国科学院院址迁往北京三里河路52号原国家科委旧址。
1949年12月16日，中国科学院接收静生生物调查所，成立静生生物调查所整理委员会。
1949年12月21日，中国科学院接收西北科学考察团。
1950年3月，经政务院批准，中国科学院华东办事处在上海成立；1955年2月更名为中国科学院上海办事处；1958年11月，正式成立中国科学院上海分院。