北溪
正源是万安溪，发源于玳瑁山中心地带的连城曲溪乡黄胜村。北溪干流长度274公里，流域面积9640平方公里。北溪河谷形态和地质特点是：中上游（华安以上）岩层种类比较复杂，有砂岩、页岩、石灰岩、花岗岩、流纹岩等。河谷盆地和峡谷相间，如龙岩市区盆地，漳平市区盆地、华安县城盆地和新桥镇盆地等。华安以下至河口则以花岗岩占优势，磹口以下已进入下游河段，河谷逐渐开阔，河岸也渐低，河流的堆积作用也逐渐加强。到了浦南（距出口约43公里）一带，开始进入全省最大的平原——漳州平原，这里堆积占绝对优势。到漳州盆地东南边缘的江东桥一带，河谷形态变狭窄，宽度不到200米，出峡谷后与西溪相汇，注入厦门港。九龙江出口处为溺谷型河口，江面宽阔[3] 。
西溪
正源是船场溪，发源于龙岩市适中乡南部适方山，支流有花山溪、黄溪、永丰溪、龙山溪等。花山溪与船场溪在靖城附近郑店汇合后称西溪。西溪流经漳州平原，至福河与北溪汇合，然后东流入海。靖城至福河河长35公里；福河至入海口距离为11公里。西溪水系呈扇状，中、上游流域面积占全流域总面积的86.8%，下游流域仅占全流域总面积的13.2%。郑店上下，西溪的河谷形态和河道坡降有明显差异。郑店以上，西溪各支流均属山地性河流，河谷狭窄，河道坡降大，可达15‰以上；郑店以下为平原性河流，河谷宽广，河道坡降小，仅3‰。郑店以上，西溪以冲刷作用为主，郑店以下，西溪以堆积作用为主。西溪全长172公里，流域面积3940平方公里，约为北溪流域面积的40%[3] 。 九龙江
南溪
在九龙江河口注入，南溪主河道全长88公里，总流域面积660平方公里。正源有两种说法，一种是平和县红婆石山沟，二是平和县太极峰。
其他支流
北溪在与西溪合流之前还有小池溪、小溪、雁石溪、丰城溪、新桥溪、宁洋河、新安溪、感化溪、坑子口溪、至溪、赤溪、西江溪、温水溪、仙溪、南房溪、坪溪、竹溪、林墩溪、龙津溪、马洋溪、仙都溪等支流[3] 。 九龙江
九龙江北溪发源于玳瑁山，西溪发源于博平岭。北溪源地降水量在2000毫米以上，径流深在1400毫米以上。多年平均径流等深线图分布的特点是，西部山地大于东部沿海平原，从1000毫米减少到600毫米。
北溪年均流量为260立方米/秒（浦南站），径流模数为30.6升/平方公里·秒，径流深度为963毫米，径流系数为0.636，年径流总量为82.2亿立方米，是属于丰水带河流。