公理宗起源[1] 于16世纪的英国及清教徒（Puritan）。他们针对由伊利莎白一世（Elizabeth I）所建立的英国国教。 在伊利莎白时代，清教徒在英国国教内部工作，他们大多数认为国教的宗教仪式是罗马天主教的遗留，因此要把它们废除。这些仪式包括在洗礼中使用十字架，牧师礼服、在圣餐礼中跪下领餐。 他们也怀疑主教的权威是否来自圣经。他们要改革教会行政模式，教会要由长老和大会管理，教规要严谨。伊利莎白一世执政最初几年，英国教会中向往清教的圣职人员和信徒在议会中有强大的支持力量，对改进教会抱有很大的希望。他们的领袖中有卡特赖特（Thomas Cartwright，1535-1603）及珀金斯（William Perkins，1558-1602）。
可是，伊利莎白一世不愿批准教会按照清教徒路线去变革，国王詹姆斯一世（James I）对清教徒也同样强硬。虽然如此，清教运动主力依然存在英国教会内。许多清教徒只是勉强遵从圣公宗教义，处于守势。于是，分离运动和清教主力一同发展起来，由分离派（Separatists）清教徒勃朗（Robert Browne，约1550-1663）及哈里森（Robert Harrison，死于约1585）领导。这些分离派不再承认英国教会是真正的教会。1580年，勃朗在荷兰发表《不受任何拦阻的宗教改革》（Treatise of Reformation without Tarrying for Anie），提议直接由管治的会众制度；这成为公理会的纲领性原则。[2]
1581年，他们带着门徒（通常称为勃朗派）在诺里奇（Norwich）设立独立教会，由勃朗任区牧，哈里森任讲道员。他们认为英国教会已经败坏，变成虚有其表，所以完全和它脱离关系。他们依据圣经，成立他们自己的教会。这便标志着公理宗运动的开始。
英国政府和主教们对勃朗派也不再忍耐，开始镇压，或禁锢或滋扰，不少成员逃亡到荷兰。荷兰人也对他们宽大为怀，准许他们自由进入。1620年，罗滨逊（John Robertson，约1576-1625）率领102名流亡者乘「五月花号」（Mayflower）帆船抵达北美新英格兰地区，到达时，当中只有53名生还者；他们是「美国开国祖先」。 改革宗思想也由此传入美洲。[3] 其后，新英格兰地区建立了6个以公理会为官方宗教的殖民地，分别是：马萨诸塞（Massachusetts）、康涅狄格（Connecticut）、新罕布什尔（New Hampshire）、佛蒙特（Vermont）、缅因（Maine）、罗得岛（Rhode Island）。
进入20世纪，公理会的影响力急剧下降。然而，此时出现了合一的浪潮：1957年，美国公理会（Congregational Christian Churches）与福音改革宗（Evangelical and Reformed Churches）合并并成为美国联合基督教会（United Church of Christ）；[4] 信徒只有1,296,652人。比19世纪以前的黄金时代已经下降很多。此外，1972年，英格兰及韦尔斯公理宗（Congregational Church in England and Wales）与英格兰长老宗（Presbyterian Church of England）结合成为联合改革宗（United Reformed Church）。[4]