1992年12月与国家重点工程合肥铁路新客站同步开工建设。 合肥火车站
1995年4月，安徽省政府正式批准设立试验区。
1996年2月，国家建设部将试验区列为全国首家城市综合开发试点区。试验区系省级开发区，享有市级经济管理权限，原规划面积为10平方千米。
1999年8月，市政府批准将原郊区的瑶海街道划归试验区代管。
2001年5月24日，原瑶海街道的长淮、方庙、汪塘、胜利4个社居委调整为长淮、方庙、汪塘、胜利、临泉中路、火车站广场6个社居委。
2001年9月24日，合肥市人民政府同意把原瑶海街道划分为方庙、瑶海两个街道办事处。
长淮街道办事处下辖胜利、长淮两个社居委；方庙街道办事处下辖汪塘、方庙两个社居委。
2001年11月27日，瑶海街道临泉中路、火车站广场社居委范围进行了调整。
2003年3月，瑶海区七里塘镇（现为七里塘街道）划归新站试验区代管，辖区面积增至34平方公里。2004年1月，管委会通过方庙街道社居委设置方案，并同意增设安徽大市场社居委、万绿园社居委，方庙社居委更名为瑶东社居委。
2005年3月31日下午，试验区管委会与瑶海区政府签订了三角线、红星社居委移交协议，从2005年4月1日起瑶海区车站街道的三角线和红星两个社居委移交试验区管理。
试验区长淮街道长淮社居委的赵仓坊居民组原则上在2005年年底移交给瑶海区车站街道管理。
2005年6月1日，经省政府同意，省民政厅批复，撤销七里塘镇设立七里塘街道办事处。