1897年，商务印书馆在上海创办，创办人为夏瑞芳、鲍咸恩、鲍咸昌、高凤池等。
1901年，张元济投资商务印书馆。代印张元济与蔡元培创办的《外交报》。《华英音韵字典集成》发售预约。严复译《原富》（〔英〕亚丹·斯密著）由南洋公学印行（后归商务印书馆出版）。
1903年，设第一个分馆于汉口。十月，正式成立商务印书馆有限公司，吸收日资，改进印刷。首次使用著作权印花。编印小学“最新教科书”。创刊《绣像小说》半月刊，主编李伯元。译印《说部丛书》。
1907年在上海闸北宝山路建成印刷总厂和编译所新址。印刷所、编译所闸北宝山路新厦落成。始用珂罗版印刷。停办小学师范讲习班，附属小学改组为尚公小学，由蒋维乔任校长。郁厚培赴日本学习照相制版技术。蔡元培应聘为商务印书馆编译书籍。出版《汉译日本法规大全》八十册，另附《解字》一册，署南洋公学译书院译。出版《列国政要》三十二册（清廷派员考察各国政治辑译的资料）。
1909年将编译所收藏古籍善本和参考书籍的图书馆定名为涵芬楼，后改名为东方图书馆，对外开放。改进铜锌版和试制三色铜版，聘美籍技师指导。商务印书馆董事局于三月初八举行第一次会议，出席董事七人，张菊生为主席。办商业补习学校，张元济首任校长。办艺徒学校。创刊《教育杂志》。出版孙毓修编译《童话》一、二两集（中国最早出版的“童话”）。出版《汉译日本法律经济辞典》（中国最早译印的百科辞典）。与英国泰晤士报社协议印行所出《万国通史》（中国出版社对外合作的最初尝试）。
1914年，董事会收回日本股份。设分馆于香港。创制教育幻灯片。创刊《学生杂志》，历任主编朱天民、杨贤江、陈功甫（1947年停刊）。出版康德《人心能力论：论意志能制病情》，德汉学家卫礼贤和周暹合译。