我国本草学早有“茱萸”的记载，但入药称谓茱萸的植物并非一种。例如，山茱萸、吴茱萸、食茱萸等。前两种的名称始见于《神农本草经》，列为中品，后一种的名称始见于《齐民要术》，医籍最早载入《唐本草》。究竟三者何以皆称谓“茱萸”，亦尚无考证。李时珍引寇宗奭日：“山茱萸、吴茱萸甚不相类，治疗大不同，未审何缘命此名也”。赵学敏引张石顽云：“食茱萸与吴茱萸性味相类，功用仿佛”。三者入药以山茱萸较为常用。[11]
山茱萸始载于《本经》，列为中品。《吴普本草》载：或生冤句琅琊，或东海承县，叶如梅，有刺毛，二月花如杏，四月实如酸枣赤，五月采实。《别录》载：生汉中山谷及琅琊冤句，东海承县，九月十月采实，阴干。《本草经集注》称：出近道诸山中，大树，子初熟未干赤色，如胡颓子，亦可啖。既干，皮甚薄。《本草图经》载：今海州亦有之，木高丈余，叶似榆，花白。《纲目》收载于木部灌木类。《本草图经》、《纲目》及《植物名实图考》均有山茱萸图。从上述本草图文记述看，古代所指山茱萸应为本种。[9]
山茱萸落叶乔木或灌木，树皮灰褐色；小枝细圆柱形；叶柄细圆柱形。伞形花序生于枝侧，两侧略被短柔毛；总花梗粗壮，微被灰色短柔毛。核果长椭圆形，红色至紫红色；核骨质，狭椭圆形，有几条不整齐的肋纹。[1]
山茱萸是近浅根性树种，根系是由主根、侧根和大量须根组成的，常在主根上形成若干一级侧根，然后依次形成二级三级直至多级的侧根。侧根多沿水平方向伸展。[8]
山茱萸（根）
树皮淡褐色，枝对生，枝皮灰棕色，小枝无毛。[8] 小枝细圆柱形，无毛或稀被贴生短柔毛冬芽顶生及腋生，卵形至披针形，被黄褐色短柔毛。[5]
山茱萸（茎）
单叶对生，柄短；叶片卵形至椭圆形，长5~12厘米，宽3~4.5厘米，先端渐尖，基部楔形或圆形，全缘、上面疏生平贴毛，下面有粉绿色、白色毛，较密；侧脉6~8对，孤行平行排列；叶柄长1厘米左右；脉腋有黄褐色毛丛。[8]