本罪侵犯的客体，主要是公共财产的所有权，同时在一定程度上也侵犯了国家的财经管理制度。挪用公款罪侵犯的直接客体是公款的使用权，同时行为人挪用公款后必然占有，有的还因此获得收益。而所有权包括占有、使用、收益、处分四种相互联系又具有相对独立性的权能，因此对所有权权能的侵犯也必然是对所有权的侵犯。所有权被侵犯并不意味着所有权转移。根据中国《民法通则》的规定，取得所有权必须依照法律规定，因此，从这一法律意义上讲，任何财产犯罪实际上都不可能真正取得所有权，挪用公款罪与贪污一样都侵犯了财产所有权，不同之处只是在于所有权被侵犯的程度不同而已。同时，正因为挪用公款罪直接侵犯了公款的使用权，而这是违反国家财经管理制度中的公款使用制度的，因而它又侵犯了国家财经管理制度。但是，由于挪用公款侵犯的主要客体是国家公共财产所有权，挪用公款罪所侵犯的客体包括：一是国有财产的所有权；二是劳动群众集体财产的所有权；三是用于扶贫和其他公益事业的社会捐助或专项基金的财产的所有权；四是在国家机关、国有公司、企业、集体企业和人民团体管理、使用或运输中的私人财产的所有权；五是非国有公司、企业以及其他非国有单位资金的所有权；六是非国有金融机构中客户资金的所有权，其中，挪用公款罪的犯罪对象，既包括当然的公共资金款项，也包括拟定的公共资金款项。
本罪侵犯的对象主要是公款。这既包括国家、集体所有的货币资金，也包括由国家管理、使用、运输、汇兑与储存过程中的私人所有的货币。在国有企业、公司中，具有国家工作人员身份的人挪用该企业、公司的财物，属于侵犯了公共财物的所有权。在中外合资、合作、股份制公司、企业中，具有国家工作人员身份的人挪用上述公司、企业的资金，也应属于侵犯公共财物所有权。根据本法第384条的规定，挪用用于救灾、抢险、防汛、优抚、扶贫、移民、救济款物归个人使用的，要按挪用公款罪从重处罚，因此这些特定的公款、公物可以成为本罪的对象。挪用公物归个人使用，一般应由主管部门按政纪处理，情节严重，需要追究刑事责任的，可以折价按挪用公款罪处罚。因而一般的公物也可以成为本罪的对象。
广义的公款，是指公共款项、国有款项和特定款物以及非国有单位（金融机构）和客户资金的统称。既具有当然的公共财产特性，也具有拟定的公共财产的特性。其中，公共款项，就是为公共所有的资金款项；国有款项，是指为国家所有的资金款项；特定款物，是指专门用于救灾、抢险、防汛、优抚、扶贫、移民、救济款物。它既可以为国家所有，也可以为劳动群众集体组织所有，还可以为社会公益组织所有；非国有单位资金，是指非国有公司、企业和其他非国有单位所有的资金；客户资金，是指金融机构客户所有的资金。因此，广义的公款不仅包括公共资金款项和国有资金款项，而且还包括特定财物和非国有单位、客户资金。所谓狭义的公款，专指公共所有的资金款项。包括国有的资金款项、劳动群众集体所有的资金款项或用于扶贫和其他公益事业的社会捐助专项基金。该类公款只具有当然的公共财产特性。