斯科普里的名称来自于古代拉丁语中的斯库皮（Scupi）一词，这个名称来自于古代希腊和罗马国境处一个要塞城市的名称，起源自色雷斯人和派奥尼亚人。在现代，奥斯曼帝国统治时期，斯科普里在奥斯曼语中的名称是于斯屈普（Üsküp，奥斯曼土耳其文：اسكوب）。在塞尔维亚王国时期，斯科普里在塞尔维亚语中的名称是Skoplje（Скопље）。1912年至1941年期间，斯科普里在保加利亚王国的名称是Skopie（Скопие）。1945年开始，斯科普里的官方马其顿语名称是Skopje（Скопје）。阿尔巴尼亚人则称斯科普里为舒库普（Shkup）或舒库比（Shkupi）。 斯科普里
斯科普里位于巴尔干半岛中部，北马其顿北部的斯科普里地区，约位于贝尔格莱德和雅典两城市连线的中点位置。瓦尔达尔河的源头位于戈斯蒂瓦的附近，流经斯科普里之后再经过北马其顿南部达到北马其顿和希腊的国境，最后流入爱琴海。瓦尔达尔河谷几乎都由丘陵和山地构成。斯科普里市区东西宽23公里，南北长9公里。平均海拔有225米。斯科普里市区面积有1854平方公里。
气候
按照柯本气候分类法，斯科普里在气候上属于副热带湿润气候（Cfa）区，靠近和湿润大陆性气候的交界处。斯科普里位于其西北部普罗莱蒂耶山脉的雨影区，降水较少，其降水量只有与其同纬度的亚得里亚海沿岸地区降水量的四分之一。夏季潮湿炎热，冬季寒冷且颇潮湿，常有降雪。夏季气温经常超过31°C，有时会超过40°C。春季和秋季的气温介于15-24℃之间。冬季气温大约有6°C，有时会低于0°C。也有低于-10°C的情况。全年均有降水，10月至12月和4月至6月期间降水较多。
河流及湖泊
斯科普里位于距瓦尔达尔河源头约96公里处，瓦尔达尔河在流经斯科普里市内之后流至塞萨洛尼基附近的三角洲地区。河上有多座桥梁，其中有五座位于斯科普里市中心。有数条支流在斯科普里注入瓦尔达尔河，其中最长的是托雷斯卡河，长130公里。其他还有莱佩纳茨河、普钦尼亚河、卡第那河、马尔科瓦河、巴特舒卡河等河流，长度均在70公里以下。斯科普里有马托卡河谷和托雷斯卡两个人工湖。托雷斯卡的湖水来自托雷斯卡河，位于斯科普里郊外。另外，市内还有一个名为雅库皮察（Jakupica）的冰川湖。