中华人民共和国衢州出入境检验检疫局（简称衢州检验检疫局）成立于1999年11月，其前身是1993年7月成立的中华人民共和国衢州进出口商品检验局。衢州检验检疫局是浙江检验检疫局设在衢州的分支机构，实行垂直管理体制，主要职能是依据《中华人民共和国进出口商品检验法》及其实施条例、《中华人民共和国进出境动植物检疫法》及其实施条例、《中华人民共和国国境卫生检疫法》及其实施细则以及《中华人民共和国食品卫生法》的有关规定,承担衢州地区的进出口商品检验、进出境动植物检疫、出入境卫生检疫和监管认证工作。 衢州出入境检验检疫局
衢州检验检疫局内设办公室、综合业务处、检验检疫一处、检验检疫二处、检务处五个职能处室，下设综合技术服务中心、中检集团浙江有限公司衢州分公司、奥信咨询有限公司三个企事业单位。现有在编职工34人，全局建筑面积5000平方米，其中实验室面积1800平方米。
办公地址：衢州市府东街208号（府东街与蝴蝶路交叉路口） 实验室地址：衢州市荷花三路215号
近年来，衢州检验检疫局坚持以服务经济建设为中心，严格依法施检，强化监督管理，深化业务改革，加强队伍建设，各项工作取得明显成效，多年来一直保持衢州市文明单位、浙江出入境检验检疫系统文明单位荣誉称号。2006年获得省级文明单位称号。
1、贯彻执行出入境卫生检疫、动植物检疫和进出口商品检验法律、法规和政策规定的实施细则、办法及工作规程，负责所辖区域的出入境检验检疫、鉴定、认证和日常监管等行政执法工作。
2、负责实施所辖区域出入境卫生检疫、传染病监测和卫生监督，负责口岸传染病的预防与控制工作，负责出入境人员的预防接种和传染病监测体检等工作。
3、负责实施所辖区域出入境动植物和其他检疫物的检验检疫与日常监管工作，负责动植物疫情监测、调查和汇总报告等工作，实施动植物疫情的紧急预防措施。
4、负责实施所辖区域进出口商品(含食品)的法定检验和日常监管工作，负责实施一般包装和出口危险品货物包装检验，负责进出口商品鉴定管理工作，负责实施外商投资财产鉴定，办理进出口商品复验工作。
5、负责实施与所辖区域进出口食品、动植物及其产品等的生产(养殖、种植)、加工和存放等单位卫生、检疫注册有关的宣贯、受理、考核及日常监管，负责实施与进口安全质量许可制度相关的日常监管，负责实施与出口质量许可制度相关的宣贯、受理、考核及日常监管，负责实施产品和体系认证工作。
6、负责实施所辖区域国家实行进口许可制度的民用商品的入境验证，负责出口、转口商品的有关出境验证。
7、负责实施所辖区域出入境交通运载工具和集装箱及容器的卫生监督、检疫监督和有关的适载检验、鉴定，负责出入境交通运载工具、集装箱、包装物及铺垫材料和货物的卫生除害处理等工作。