还原主义的阵营，在每一个历史时期，都是比较单纯的，在历史上的表现形式有：（朴素）原子主义、机械主义和物理主义。现代还原主义的基本信条是：用物理、化学作用和自然选择足以解释一切生命现象。具体地说，是用物理、化学作用解释功能性的生命现象，而对历史性生命现象也即生物进化的解释，则除了物理、化学作用（基因漂移、基因组自组织等）之外，还需要加入自然选择的因素。
整体主义虽然迟至二十世纪二十年代才由史末资（J. C. Smuts）正式提出（Smuts 1926），但历史上各种反还原主义的思潮都可归入这一阵营，包括：泛灵论、目的论、神创论、活力主义、拉马克主义、米丘林－李森科主义等。这些思潮都已在生物学界失去了市场，只在生物学界之外还有信徒。由于整体主义向来就是以反还原主义的面目出现的，至今仍然有各种各样的表现形式，并无一个统一的阵营。其中，有反科学的，例如“科学神创论”、智能设计论（二者都是神创论的现代形式）；有接近信仰的，例如盖娅假说；也有属于科学思想的，例如迈尔（E. Mayr）、古尔德（S. J. Gould）所主张的机体论。在此我们只讨论属于科学的整体主义，并称之为现代整体主义。
两极世界理论认为，近现代西方科学文化传统的本质是还原主义的。[1]
尽管两派人马在论战时，倾向于歪曲、丑化对方的观点，而事实上，两派的相同点远多于不同点，界限已变得相当模糊。这些相同点，有的原属还原主义而被整体主义采用，有的原属整体主义而被还原主义采用，可以说，是两派长期对抗之后所达成的一定程度的融合。这些融合包括：
一、否定目的论。现代整体主义已抛弃了早期整体主义的目的论色彩，不再认为冥冥之中有一种目的引导着生物进化、发育。对生命现象的看法，双方都是彻底的唯物主义和自然主义。
二、构成性还原主义（Constitutive Reductionism）。这是迈尔提出的一个概念（Mayr 1982）。它认为生物的物质组成与非生物完全相同，生命现象不违背物理、化学原理，也不存在只在生物体起作用的特殊的物理定律。现代整体主义已抛弃早期整体主义的活力主义性质，而承认构成性还原主义。
三、整体、动态观念。现在两派都强调研究各组分之间的动态关系，避免将组分孤立地、静止地看待。值得指出的是，将以整体性为原则的系统论等同于整体主义是错误的。被归入系统科学的博弈论、非平衡态自组织理论，即都属于还原主义的。最近生物学博弈论的创建者梅纳德·史密斯（J. Maynard Smith）出了一本小册子（Maynard Smith 1998），试图根据进化发育生物学的新成果调和还原主义和整体主义。但他把还原主义等同于控制的，把整体主义等同于动态的，并不恰当。自组织的动态过程可以经由物理、化学原理推导，因此也是还原主义的。进化发育生物学的新成果对还原主义是一个支持。