1972年台湾大学法律系毕业。后赴美留学，获美国纽约大学法学硕士、哈佛大学法学博士学位。
马英九曾在美短暂工作，1981年后，历任美国马里兰大学法学院研究顾问，美国波士顿第一银行法律顾问，美国纽约华尔街柯尔迪兹律师事务所实习律师，后返回台湾担任“总统府”第一局副局长，兼政治大学法律研究所副教授。
1982年，马英九出任蒋经国英语翻译。在1984年后的十五年中，他先后出任国民党中央副秘书长及多种行政职务。1998年12月当选为台北市市长，2002年12月连任台北市市长。
马英九是国民党第十三、十四届中央委员[2] 。1999年8月、2001年7月分别当选国民党中央常务委员。2003年3月，当选为国民党副主席。2005年7月，以72.36%的得票率当选为中国国民党新一任党主席。
2007年2月13日，因在台北市长任内“特别费”的使用，而被台湾“高等法院检察署”起诉，马英九曾承诺若遭起诉即辞去中国国民党主席职务，乃于同日请辞党主席并将化悲愤为力量，正式宣布参选2008年台湾“大选”。2008年04月24日，马英九特别费案台“最高法院”驳回检方上诉，判决马英九无罪。
2008年3月22日，马英九在台湾地区领导人选举中，以765.87万张票(58.45%得票率)击败民进党的谢长廷，并于2008年5月20日就任。
2009年7月26日，中国国民党举行党主席和党代表选举，马英九当选党主席，获得285354票，得票率为93.87%。10月17日，中国国民党举行第18届党代表大会，马英九宣誓就任党主席。
2011年4月7日，马英九委托他人到国民党中央党部领表，成为国民党2012台湾地区领导人选举的唯一参选人。7月2日，国民党举行第18次代表大会第2次会议，正式通过提名马英九、吴敦义搭档，参加2012年台湾选举。
2011年11月21日，马英九前往台湾选务机构正式登记参加台湾“大选”。
2012年1月14日，在台湾地区领导人选举中获胜，继而获得连任。
2012年5月20日，马英九在台北就任新一届台湾地区领导人，开始第二个任期[5][6][2] 。
2014年12月2日，下午召开中山会报时，宣布请辞中国国民党主席[3][7] 。
2015年11月7日下午3点，习近平、马英九在新加坡举行习马会，这是1949年以来两岸领导人的首次会面，马英九与习近平的手紧紧握在一起，这一刻翻开两岸关系历史性的一页，必将载入史册。[30][31]