1989年，《中华食品卫生》创刊，内部发行，刊期为季刊。
1992年8月26日，该刊获得中国原国家科学技术委员会批复同意，定名为《中国食品卫生杂志》，主办单位是中华预防医学会食品卫生分会、原卫生部食品卫生监督检验所。
1995年，该刊由季刊改为双月刊，出版页数64页改为48页。
1998年，该刊出版页数由48页改为80页。
2003年，该刊出版页数由80页改为96页；9月9日，该刊主办单位原卫生部食品卫生监督检验所更名为中国疾病预防控制中心营养与食品安全所。
2013年，该刊出版页数由96页改为128页[5] 。
2014年，中国疾病预防控制中心营养与食品安全所退出该刊第二主办单位；12月，该刊成为中国原国家新闻出版广电总局第一批认定学术期刊[6] 。
2015年，该刊第二主办单位变更为国家食品安全风险评估中心[5] 。
2018年7月3日，该刊主办单位由中华预防医学会、国家食品安全风险评估中心变更为中华预防医学会、中国卫生信息与健康医疗大数据学会[7] 。
报道内容
《中国食品卫生杂志》主要刊登食品卫生领域的科研方法及成果，检验检测技术（包括化学分析技术、微生物检验技术、毒理学方法）；有毒有害物质的监测、评估、标准的研究，监督管理措施及方法等方面的学术论文[1] 。
主要栏目
《中国食品卫生杂志》主要栏目有专家述评、论著、研究报告、实验技术与方法、监督管理、调查研究、风险监测、风险评估、食品安全标准、食物中毒、综述，以及针对热点课题组织的各种专题研讨和专栏[1] 。
读者对象
《中国食品卫生杂志》的读者对象主要是中国卫生、农业、质检、工商、食品药品监管等系统及其他与食品卫生相关的科研机构、高等院校、监管部门，食品行业协会、大型食品企业，以及对食品卫生、食品安全感兴趣的各方人士[1] 。
据2020年2月《中国食品卫生杂志》官网显示，《中国食品卫生杂志》第五届编委会有顾问17人、编委89人[2] 。