1947年4月，中统改为党员通讯局（简称党通局）。蒋介石为了减轻国民党党部机构膨胀、党费开支过大的问题，只把党通局的党派调查室和领导机构留在党部内，其他单位都转到政府各部门，但实际换汤不换药，各部门还是由党通局领导。当时属于这种情况的单位还有国民党政府主计处统计局第六、七科。
六科的公开业务是行政效率统计，七科是施政成绩统计，其实仍然是管党务情报、政治情报等。内政部第四处公开的职责是人口政策研究和人口资料的搜集等，党通局内叫人事登记处，负责登记共产党人和民主人士的资料。公开任务是取缔走私、黑市和囤积居奇等，在党通局内还是负责经济情报。
1949年3至4月，中国人民解放军以摧枯拉朽之势席卷全国，蒋家王朝也已穷途末路，但蒋介石仍紧抓特务不放，按照既往政策，对中央党员通讯局再次进行了改组与调整。具体方案是将其再次降格，从“党”归“政”，划归行政院内政部所辖，改称为内政部调查局。由于叶秀峰是国民党中央执行委员，属特任级官员，不能屈就内政部调查局简任级的局长，因此改由原“中统局”上海区调统室主任、党通局副局长季源溥为内调局局长，以内政部派出张益民为副局长。但中央党员通讯局的名称仍保留了一段时间。
1949年5月内政部调查局在广州正式成立，中统组织从此更趋末路。而叶秀峰则因无法安排，仍挂着“党通局局长”的闲职。季源溥出任内调局局长后，筹建在大西南的内调局指挥中心和潜伏特务训练班，并指挥华南地区的特务活动，甚至派人前往东南亚进行海外活动。蒋介石为了给季源溥打气，慷慨地—次拨给内调局十万银元的活动经费，想让季源溥更好地为自己卖命。
但人民解放军快速地横扫江浙，进军闽南，逼向广东，这时季源溥的新组织还没有真正形成队伍。党通局、内调局的特务们知道大势已去，除部分由王保身带往台湾外，其余随政府其他部门一起，在9月初乘飞机逃往重庆。季源溥一到重庆， 便向蒋介石再次申请应变经费，结果碰了钉子。季源溥只好找到四川省主席王陵基，要求王陵基拨给他十个边远县，让特务刘介鲁等十人专门出任县长，号称要“建成游击根据地，以与共产党周旋”。十人名单送到王陵基那后，还没有来得及批准，这些县就已经被解放或临近解放了，因此计划只好作罢。
季源溥见大势已去，便下令让副局长张益民来负责日常工作，自己却逃往台湾了。张益民见此，也不愿殉葬，便也准备逃走，他—面布置昆明的特务潜伏活动，—面命令特务协助铁路公路部门，来维持滇越、滇缅交通线的畅通，并和滇越边境金平县的土司建立联系，除加强已有的滇西区室外，在滇南、滇东再分别各建一个区调查室，为自己的逃走路线做准备。但是到11月间张益民准备经昆明逃跑时，实行大迁回的人民解放军已经切断了他们的去路。此时，除了坐飞机，再也没有别的办法可以逃走。11月23日重庆解放，特务们逃到成都以后，张益民便丢弃手下，乘飞机逃往香港。
正、副局长逃走后，时任内调局西南区区长的徐政，心里也十分恐慌，特别是他收听解放区电台的广播，得知中共已经把他列入战犯名单，就更是坐立不安，决定无论如何也要逃到台湾去。正巧中统创始人陈立夫。来到成都，徐政连忙跑去央求陈，陈立夫安慰道：尽可放心，只要能拖到第三次世界大战爆发，党国即可复兴。徐政对此回答心里彻底失望，竟当场跪在陈立夫的面前，声泪俱下地哭求，最后才被允诺。徐政逃走以后，剩下内调局本部的一批特务不知所措，—次次地向台湾发出求救的电报，度日如年地等了一周，季源溥才来电给了逃台的几十个飞机座位。这么多特务都吵着要去，你争我夺，谁也不让步。不得已，开会商议达成三条协议：一、依照局本部意见，必须飞台的先飞，眷属、儿女概不照顾；二、科长以上的重要业务人员其次；三、其余位子抽签决定。去不了的每人发一两黄金，自谋生路。特务们烧毁了所有公物，然后驱车到新津机场。当时，各机关也都想逃到台湾，互不相让，争得不可开交时，只好采取抽签的办法。结果，内调局抽的是第十三批飞机，运气不佳。到12月中旬第八批飞机飞来时，新津附近发现了解放军，国民党的空军站仓皇撤退，机场也被破坏，第十三批飞机永远不会再来了。特务们此时已是上天无路、入地无门，不得不钻进农民的草垛里避寒。他们架起发报机一遍又一遍地向台湾呼救，结果连回电也没有了。留下的一百多个内调局特务，把剩下的六七十两黄金予以平分，每人拿了五钱，各自逃命去了。当然，在后来的“镇反”、“肃反”等运动中，他们中的大多数人没有逃过惩罚。